大規模スパース行列の0ではない要素番号（i, j）があるベクトルのi番目とj番目の差となる行列を作りたい

Question

大規模スパース行列の0ではない要素番号（i, j）がベクトルのi番目とj番目の差となる行列を作りたいです．

#A is a sparse matrix
#the dimension of A is 1000000 ×　1000000
rows, cols = A.nonzero() 
index = [(i, j) for i, j in zip(rows,cols)]#0ではない要素番号の集合

print(len(index))
#5000000

B = A.copy()
#y is a vector
#the dimension of y is 1000000
for i, j in index:
    B[i, j] = y[i] - y[j]

これで実際に行列を作ることはできます．
しかし，上にも示したとおり大規模な行列を使っています．そのため，実行するととても時間がかかってしまいます．
pythonではfor文の実行速度が遅いためだと考えています．

もっと早く実行できる方法があれば教えてください．

Answer 1

import scipy.sparse
rows, cols = A.nonzero()    
data=y[rows]-y[cols]
B = sparse.coo_matrix((data,(rows,cols)))

Comments

[hoshi1996]

とても早く実装することができました。ありがとうございます。