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Chainer

Chainerは、国産の深層学習フレームワークです。あらゆるニューラルネットワークをPythonで柔軟に書くことができ、学習させることが可能。GPUをサポートしており、複数のGPUを用いた学習も直感的に記述できます。

CUDA

CUDAは並列計算プラットフォームであり、Nvidia GPU(Graphics Processing Units)向けのプログラミングモデルです。CUDAは様々なプログラミング言語、ライブラリ、APIを通してNvidiaにインターフェイスを提供します。

Anaconda

Anacondaは、Python本体とPythonで利用されるライブラリを一括でインストールできるパッケージです。環境構築が容易になるため、Python開発者間ではよく利用されており、商用目的としても利用できます。

WSL(Windows Subsystem for Linux)

WSL (Windows Subsystem for Linux) は、Windows10のOS上でLinux向けのバイナリプログラムを実行可能にする機能です。また、WindowsOSのAPIを用いた仕組みを提供しており、Linux側からWindowsOSへのファイルアクセスもできます。

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wslでのpython、Anaconda、GPUの設定

kak

総合スコア27

Chainer

Chainerは、国産の深層学習フレームワークです。あらゆるニューラルネットワークをPythonで柔軟に書くことができ、学習させることが可能。GPUをサポートしており、複数のGPUを用いた学習も直感的に記述できます。

CUDA

CUDAは並列計算プラットフォームであり、Nvidia GPU(Graphics Processing Units)向けのプログラミングモデルです。CUDAは様々なプログラミング言語、ライブラリ、APIを通してNvidiaにインターフェイスを提供します。

Anaconda

Anacondaは、Python本体とPythonで利用されるライブラリを一括でインストールできるパッケージです。環境構築が容易になるため、Python開発者間ではよく利用されており、商用目的としても利用できます。

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WSL (Windows Subsystem for Linux) は、Windows10のOS上でLinux向けのバイナリプログラムを実行可能にする機能です。また、WindowsOSのAPIを用いた仕組みを提供しており、Linux側からWindowsOSへのファイルアクセスもできます。

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投稿2019/09/22 06:03

編集2019/09/23 04:53

いつも勉強させていただいてます。

ChainerのDeep learningをしようと思い、
GeForce 1050ti
CUDA10.1
の設定済みパソコンにWSLのUbuntuを導入しました。
WSLにインストールしたPythonプログラムをiPythonで操作し、
Chainerの計算にGPUを使用したいと思っています。

In [6]: chainer.print_runtime_info() Platform: Windows-10-10.0.18362 Chainer: 6.3.0 NumPy: 1.15.4 CuPy: CuPy Version : 6.3.0 CUDA Root : C:\Program Files\NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v10.1 CUDA Build Version : 10010 CUDA Driver Version : 10010 CUDA Runtime Version : 10010 cuDNN Build Version : 7500 cuDNN Version : 7500 NCCL Build Version : None NCCL Runtime Version : None iDeep: Not Available

上記の様にWindowsに入れたAnacondaでは設定できているのが確認できています。

次にWSLをUbuntuで起動し、/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/にあるプログラムを
iPythonで呼び出すとimportできました。

https://sekailab.com/wp/2019/03/10/execute-windows-binary-on-wsl/
のサイトのように

vi .bashrcに以下を追記しました:
alias conda="conda.exe"
alias python="python.exe"
alias ipython="ipython.exe"
alias nosetests="nosetests.exe"
alias pip="pip.exe"

そしてコマンドプロンプトからWSLコマンドでWSLを起動するとWSLのディレクトリが確認できますがiPythonを実行するとWindowsのAnacondaが呼び出されるため、WSLの/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/のプログラムが実行できません。


枠内のようにUbuntuでWSLを呼び出しWSLのipythonで/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/PyRosettaにあるpyrosettaモジュールをインポートでき、枠外のようにコマンドプロンプトからWindowsのipythonでC:Anaconda2\envs'py27\Lib\site-packages\にあるchainer,cupyをインポートできました。しかし、コメント頂いたようにCupyを使うためにWSLのAlias ipython='ipython.exe'にすると棒矢印のようにWindowsのipythonが呼び出されるのでPyrosettaがインポートできません。パスを通してもWSLのディレクトリはWSL経由でないと呼び出せないとのことなので。WindowsでipythonからPyrosetta,chainer,cupyをインポートするにはどうしたらいいのでしょうか。

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ベストアンサー

from distutils import log ImportError: cannot import name 'log'

とあるので、distutilsが無いのかも知れませんね。distutilsはsetuptoolsに置き換わっているようです。
distutils --- Python モジュールの構築とインストール

distutils又はsetuptoolsはpython3環境にインストールされているのでしょうか?

投稿2019/09/23 04:16

nandymak

総合スコア799

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kak

2019/09/23 05:33

python3の環境でsetuptoolsをインストールし、無事にPython3.6 verのPyrosettaをインストールできました。Python3での利用は諦めていましたが、ChainerもPython3で使えます。ありがとうございました。 こんなに付き合っていただいて申し訳ないのですが、図に追記したように当方の環境でPyrosetta, cupy, chainerをIpythonでimportして使う方法を教えていただけませんでしょうか。
nandymak

2019/09/23 05:55

コードを見せてください。
kak

2019/09/23 06:55

from pyrosetta import * pyrosetta.init() class Pyrosetta: def Module1: . , , , , , , def Module 2: . . . . . if __name__ == "__main__": out = main() このようなPyrosetta.pyをWSLに置いてWindows10側からwsl Pyrosetta.pyで呼び出せばPyrosettaを使える気がしてきました。 ひとます、WSL側のIpythonでPyrosetta.pyを作り、Chainer用のプログラムをWindows側のIpythonで書いてみます。 ありがとうございました。
guest

0

WSLを介さずに素直にWindowsで動かせばどうでしょうか?

Chainerのインストール方法をわかりやすく解説|Mac・Linux・Windows

投稿2019/09/22 08:49

nandymak

総合スコア799

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kak

2019/09/22 09:16

ありがとうございます。 使いたいPython library packageがWSLでしかインストール出来なかったので、GPUを使うにはWindowsからWSLを介さないと使えない状況なのです。
nandymak

2019/09/22 09:24 編集

「使いたいPython library package」はWindowsではインストールできないと言うことですか? pipでインストールするのに何か環境依存の問題があるのでしょうか? またWSLしかインストールできないというのも解せません。 Linux(Ubuntu)しか駄目と言うことですか? Windowsでインストールできないchainer以外のライブラリとは具体的に何でしょうか?
kak

2019/09/22 09:37

PyRosettaというPackageなのですが、 http://www.pyrosetta.org/documentation/windows にあるようにWSLでのインストールしかサポートされていません。 さらに自分のノートPCの環境ではPython2.7のバージョンでしかインストール出来ず、Python3やVirtual boxではインストールできませんでした。 パッケージのダウンロード後に Congratulations, you now have PyRosetta! You can set it up with the following commands: cd [new PyRosetta folder]/setup This moves you to the setup folder. sudo python setup.py install の段階で上手くいかないようです。
nandymak

2019/09/22 09:55

なるほど、Mac/RedHat/Ubuntuしかサポートされていないのですね。 WSL/Ubuntuですがpython3.xがインストールできないのでしょうか? 当方のPCでは3.xがインストールされています。その辺りから環境が崩れているのかも知れませんね。 nandymak$ cat /etc/os-release NAME="Ubuntu" VERSION="18.04.3 LTS (Bionic Beaver)" ID=ubuntu ID_LIKE=debian PRETTY_NAME="Ubuntu 18.04.3 LTS" VERSION_ID="18.04" HOME_URL="https://www.ubuntu.com/" SUPPORT_URL="https://help.ubuntu.com/" BUG_REPORT_URL="https://bugs.launchpad.net/ubuntu/" PRIVACY_POLICY_URL="https://www.ubuntu.com/legal/terms-and-policies/privacy-policy" VERSION_CODENAME=bionic UBUNTU_CODENAME=bionic nandymak$ python3 -V Python 3.6.8 nandymak$
kak

2019/09/22 10:19

自分の環境では以下のようでした。 (dqn_pip) root@LAPTOP:~# cat /etc/os-release NAME="Ubuntu" VERSION="18.04.2 LTS (Bionic Beaver)" ID=ubuntu ID_LIKE=debian PRETTY_NAME="Ubuntu 18.04.2 LTS" VERSION_ID="18.04" HOME_URL="https://www.ubuntu.com/" SUPPORT_URL="https://help.ubuntu.com/" BUG_REPORT_URL="https://bugs.launchpad.net/ubuntu/" PRIVACY_POLICY_URL="https://www.ubuntu.com/legal/terms-and-policies/privacy-policy" VERSION_CODENAME=bionic UBUNTU_CODENAME=bionic (py37) root@LAPTOP:~# python -V Python 2.7.15+ (py37) root@LAPTOP:~# python3 -V Python 3.6.7 WSL/Ubuntuの環境は問題無さそうなのですが、PyRosettaのPython3.x用のPackageをsudo python setup.py installしたときにモジュールがインポートできずPython2.x用だと出来ました。 sudo python3 setup.py installにしないといけなかったのでしょうか?
nandymak

2019/09/22 20:13

>sudo python setup.py install >の段階で上手くいかないようです。 上手くいかないとはsetupでエラーになるのですか? エラーメッセージはなんと出ますか? >WindowsのAnacondaが呼び出されるため、WSLの/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/のプログラムが実行できません。 これは >alias python="python.exe" としているので、windowsのバイナリが起動されるのが正しいと思います。 「/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/のプログラム」とは何者ですか?このディレクトリに自分で書いたpyファイルがあるのですか?
kak

2019/09/23 04:01

python3でsetup.pyしてみたところ以下のエラーになりました。 root@LAPTOP:/mnt/f/PyRosetta4.Release.python36.linux.release-232/setup# python3 setup.py install Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 11, in <module> import ez_setup File "/mnt/f/PyRosetta4.Release.python36.linux.release-232/setup/ez_setup.py", line 24, in <module> from distutils import log ImportError: cannot import name 'log' python setup.py installでpython3.6用のpyrosetta packageをインストールするとエラーなくインストール完了するのですが、いざインポートしようとすると以下の様になります。/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/にインストールされpythonのバージョン違いの性だと思います。 In [1]: import pyrosetta --------------------------------------------------------------------------- ImportError Traceback (most recent call last) <ipython-input-1-f9c2792dfaa8> in <module>() ----> 1 import pyrosetta /mnt/f/PyRosetta4.Release.python36.linux.release-232/setup/pyrosetta/__init__.py in <module>() 13 import os, sys 14 ---> 15 import pyrosetta.rosetta as rosetta 16 import pyrosetta.bindings 17 import pyrosetta.protocols ImportError: pyrosetta/rosetta.so: undefined symbol: PyInstanceMethod_Type 手こずりながらも何とかchainerもpython2でインポートできているようなので、ひとまずpython2バージョンのpyrosettaでもいいのですが、GPUを使うところで躓いています。やりたいことと現状を図にしてみましたので、解決策を教えていただけるとありがたいです。
nandymak

2019/09/23 04:17

図を拝見しましたがよく意味がわかりませんでした。 ソースを実行してエラーが出るのであれば、ソースとエラーメッセージをご提示ください。
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