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複数のサブディレクトリ内のシリーズ画像を1つのndarrayに収める方法

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windy

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あるディレクトリ(A)に、複数のサブディレクトリ(a,b,c,d)があり、それぞれのサブディレクトリに5枚のグレースケールのシリーズ画像(1,2,3,4,5)があるとします。
以下のコードで、1つのサブディレクトリ内の画像を3次元のndarrayに収めることはできました。

path = "./A/a"
list = []
for root, dirs, files in os.walk(path):  
    for name in files:  
        list.append(os.path.join(root, name))  
list.sort() 
refds = pydicom.dcmread(list[0])
constpixeldims = (int(refds.Rows), int(refds.Columns), len(list))  
arraydicom = numpy.zeros(constpixeldims,dtype=refds.pixel_array.dtype)
for namedcm in list:
    ds = pydicom.dcmread(namedcm)  
    arraydicom[:,:,list.index(namedcm)] = ds.pixel_array

しかし、ディレクトリ内の画像をサブディレクトリ毎に4次元のndarrayに収める方法が分かりません。
aからdまでの4つのサブディレクトリ内のシリーズ画像を、順に4次元のndarrayに収めたいと考えています。

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下記for内でlistに入れるのではなく、辞書に{root:name}として入れる。

for name in files:  
        list.append(os.path.join(root, name))

root毎に今の画像処理を行うのはどうでしょうか?(os.path.join(root, name)はそこで行う)

【追記】

file_dic = {} #ファイルリストの辞書
for root, dirs, files in os.walk(path):  
    for name in files:  
        if root in file_dic: #既にあるディレクトリにファイル名を追加
            dic[root].append(name)
        else: #初めてのディレクトリの場合(複数枚に対応するためリストにする)
            dic[root] = [name]


#取り出すとき
for k in file_dic: #k:ディレクトリ file_dic[k]:ファイル
    print(file_dic[k])

※上記は一例です。他にも様々な関数などもあります。

【追記】

for k in file_dic:
  refds = pydicom.dcmread(file_dic[k][0])
  constpixeldims = (int(refds.Rows), int(refds.Columns), len(file_dic[k]))
  arraydicom = numpy.zeros(constpixeldims,dtype=refds.pixel_array.dtype)
  for namedcm in file_dict[k]:
    ds = pydicom.dcmread(namedcm)  
    arraydicom[:,:,list.index(namedcm)] = ds.pixel_array

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  • 2019/08/12 20:17

    “辞書に{root:name}として入れる”というのは、rootをキー、nameを値として追加するということでしょうか?
    色々と調べながら辞書にする方法を試しましたが、コードをどう書いて良いのか分かりません。

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  • 2019/08/14 13:21

    詳細な御教授を頂き、ありがとうございます。上記の方法で、file_dicという辞書を作成することはできました。その後、辞書からキーと値を取り出して画像ファイルの3次元のndarrayを作ろうと試みましたが、どう頑張っても自分の力では作ることができませんでした。ネット上でも色々と検索しましたが、作れませんでした。その先のコードも可能でしたらご教授頂けませんでしょうか。

    キャンセル

  • 2019/08/14 14:39

    画像処理の部分は読み込んでないので分かっていませんが、元々「list」となっていた箇所を修正しましたのでご確認ください。

    ※今回に限らず注意点ですが、変数名に「list」は止めましょう。組み込み関数「list()」と名前が重複しているため「list()」が使えなくなります。

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  • 2019/08/15 16:59

    ありがとうございます。file_dicからキー(サブディレクトリ名)と値(画像ファイル名)を結合して取り出す部分

    for namedcm in file_dict[k]:
    ds = pydicom.dcmread(namedcm)

    上記の部分がうまくいきませんでした。何か方法はないか検討してみます。listの件、ご教授頂き、ありがとうございました。

    キャンセル

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