手元に何も設定いじっていない3.9があったのでLegacy Project作成でSimple Spring Web Maven通してプロジェクト作成したのですがpom.xml含めて全て必要なファイル、フォルダは生成されました。
再インストールしてみては如何でしょうか。
Eclipseもそうですがzip展開時にフォルダパスが長いことで正しく展開されないことがあるので、Cドライブ直下とかなるべく浅いところで展開されたほうが良いように思います。
またmilcahimeさんのコメントから今現在のhttps://spring.io/toolsからダウンロードできるsts-4.3.1.RELEASEをダウンロード、展開して同じように行ってみました。
そもそもLegacy Project自体が選択肢として出てこないようですね。
調べてみましたら(キーワード:[sts4 legacy project])下記のようなやりとりがありました。
Yes, eventually they will be discontinued. For the time being you can still install the legacy tooling manually. Read more about the plans here: https://github.com/spring-projects/sts4/wiki/FAQ
Google翻訳:はい、最終的に彼らは廃止されます。時間のためにあなたはまだ手動でレガシーツールをインストールすることができています。こちらのプランについて詳しく読む:https://github.com/spring-projects/sts4/wiki/FAQ
このコメントから推察するに、あくまで「レガシープロジェクト」であるが故に
いずれ廃止されるもので、最新の環境でデフォルトではプロジェクトが作れないようになっている、ものと思われます。
※つまり、本質問とmilcahimeさんのもとで起きている問題はおおよそ別件と思われます。
ただ、そもそもLegacy ProjectはSpringBootを適用せず、古いバージョンのSpring(3.1まで)のプロジェクトテンプレートをSpring公式からダウンロードし、生成するもの(リンク先の回答よりそのまま引用)であるため、何かそういった古い環境で開発(ほぼ保守案件と思いますが)する必要がない限りはStarter Projectを利用することになると思います。