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Jupyter

Jupyter (旧IPython notebook)は、Notebook形式でドキュメント作成し、プログラムの記述・実行、その実行結果を記録するツールです。メモの作成や保存、共有、確認などもブラウザ上で行うことができます。

Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

Docker

Dockerは、Docker社が開発したオープンソースのコンテナー管理ソフトウェアの1つです

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

pip

pipとは、Pythonを用いて書かれているパッケージソフトのインストールや管理を行うためのパッケージマネジメントシステムです。pipを使う主なメリットは、コマンドラインインターフェースにて容易にPythonパッケージソフトをインストール可能だという点です。

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jupyter notebookが使えるdockerにnbextensionsが導入できない

SolKul

総合スコア14

Jupyter

Jupyter (旧IPython notebook)は、Notebook形式でドキュメント作成し、プログラムの記述・実行、その実行結果を記録するツールです。メモの作成や保存、共有、確認などもブラウザ上で行うことができます。

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Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

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pip

pipとは、Pythonを用いて書かれているパッケージソフトのインストールや管理を行うためのパッケージマネジメントシステムです。pipを使う主なメリットは、コマンドラインインターフェースにて容易にPythonパッケージソフトをインストール可能だという点です。

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投稿2019/06/06 15:09

jupyter notebookサーバになるdockerコンテナにnbextensions を導入したい

いろんな環境でデータ分析できるようdockerコンテナをサーバにして、
そこにアクセスしてjupyter notebookを使いたいと考えています。
dockerのjupyter/datascience-notebookイメージでコンテナを作成していろいろいじっているのですが、
拡張機能のnbextensionsが導入できません

試したこと

dockerコンテナを立ち上げたあと、
コンテナ上のbashでroot権限で

bash

1pip install jupyter-contrib-nbextensions 2pip install jupyter-nbextensions-configurator 3jupyter contrib nbextension install --user 4jupyter nbextensions_configurator enable --user

として再起動すると、jupyter上にnbextensionsのタブが現れるのですが
どのエクステンションを有効にしても、F5で更新すると無効になってしまいます。

このdockerイメージのjupyter/datascience-notebookではjupyterがjovyanユーザーで動いているらしいので、
権限の問題だと思い、root権限でインストールするのではなく、jovyanユーザーでpipしてみると、

bash

1su jovyan 2pip install jupyter-contrib-nbextensions 3bash: pip: command not found

となりコマンドが見つかりません。

(なぜpipコマンドもjupyterコマンドも動かないjovyanでjupyterが動いているのかもの謎なのですが)

よろしくおねがいします。

補足情報

OS:Windows 10
使用ソフト:docker for Windows
(会社ではWindowsしか使えないのでWindows以外を使えという回答はなしでお願いします。)

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自己解決

まだ挙動がよくわかっていない部分があるのですが、
解決方法を示します。

原因

jupyte notebookでnbextensionsが使えるためにはnotebookを実行するユーザーのjovyanで
jupyter contrib nbextension install --user
とnbextensionsをインストール必要があると考えられます。
しかしjovyanはなぜかpipjupyterコマンドも動かせません。

そこでrootで調べます。

bash

1root@56cd00d75be2:~# which pip 2/opt/conda/bin/pip

とわかるので、pip/opt/conda/bin/にあると分かりました。
さらにjovyanの環境変数のPATHを調べてみると、/opt/conda/bin/が入っていないことがわかりました。
そこで解決法として2つ考えられます

PATHに/opt/conda/bin/を加える方法

単純に環境変数のPATHに/opt/conda/bin/を加えれば、pipjupyterも動くようになります。

Bash

1jovyan@56cd00d75be2:~$ export PATH=$PATH:/opt/conda/bin

あるいは毎回/opt/conda/bin/pipとすればいいです。これで

bash

1jovyan@56cd00d75be2:~$ pip install jupyter-contrib-nbextensions 2jovyan@56cd00d75be2:~$ jupyter contrib nbextension install --user

とすればnbextensionsが使えるようになります。/opt/conda以下のディレクトリはjovyanが所有しているのでsudoは必要ないと思われます。もしうまく動かなかったらsudo -Hで実行すればいいと思います。(jovyanでsudoするにはGRANT_SUDO=yesとした環境変数を設定してstart-notebook.shをrootで実行する必要があります。jovyanでsudoが使える条件についてはリファレンスを参考にして下さい
https://jupyter-docker-stacks.readthedocs.io/en/latest/using/common.html)

イメージをビルドする段階(Dockerfile内)で、nbextensionsをでインストールする方法

これはリファレンスに書いてあった方法です。
https://jupyter-docker-stacks.readthedocs.io/en/latest/using/recipes.html?highlight=nbextensions
Dockerfile上のRUNコマンドで実行すれば、なぜかpipも使えます。

Dockerfile

1... 2USER jovyan 3RUN pip install jupyter-contrib-nbextensions 4RUN jupyter contrib nbextension install --user 5...

これでnbextensionsが使えるようになります。

これはDockerfileのRUNコマンドは実際にそのコンテナを立ち上げて実行しているのではなく、すぐ削除される別のintermediate container上でコマンドを実行していて、そのコンテナ上ではPATHに/opt/conda/bin/が入っているためpipが使えるのだと思われます。

投稿2019/06/09 05:52

編集2019/06/09 06:08
SolKul

総合スコア14

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