pythonでカレントディレクトリの2つのファイルを別々に取得する方法

Question

いつも勉強させていただいてます。
Win10にVirtual boxでCentOS7を入れてpython2.7のプログラムを使用しています。

カレントディレクトリに
sample001_A.pdb
sample001_B.pdb
sample002_A.pdb
sample002_B.pdb
...
という形で番号が１から１０００までのサンプルに対しそれぞれAとBの２つのファイルがあります。
これを
test.py A B
という形でtestプログラムを実行させたいと思っています。

これまではBのファイルが全サンプルで共通だったので、
以下で実行してファイル保存していました。

ls | grep ＿A.pdb | xargs -I{} test.py {} B.pdb | tee -a test.txt

カレントディレクトリの同じサンプルのAとBのファイルをtest.pyで次々に実行するにはどうしたらいいでしょうか。

Comments

[KojiDoi]

1000番目のサンプルファイルのファイル名はどうなってますか？

Answer 1

ファイル名をそれぞれ生成することができたなら、それぞれのファイル名でfopenするなりして読み込めばいい話です。

＃　で、なにがわからないんでしょうか

Comments

[kak]

ありがとうございます。forpenを調べてみます。KojiDoi様にご回答頂いたようにサンプルファイル名の共通部分を抜き出せればいいのかと想像していたのですが、方法が分かりませんでした。

[y_waiwai]

ファイル名というのは文字列なので、共通部分にAつけたりBつければファイル名を生成できますし、それができたならそれをもとに読み込むこともできます
また、対象ファイルがなにか（CSVかJSONか）によって、そのファイル用の読み込みモジュールがあったりするので、そういうのでさがしてみればどうでしょう

[kak]

ありがとうございます。勉強になりました。今回はPDBファイルですが、CSVファイルなどの時はAnacondaでpandasで読み込んだりして、対話式にfor文で連続してサンプルファイルを読み込ませたりも考えられたのですが、今回のtest.pyは自作のものでは無いのでプログラムがよく分からずAnaconda上でなく、コマンドのまま使いたかったので混乱しました。アドバイスありがとうございました。

Answer 2

こんな感じでどうでしょう。1000番目のサンプルのファイル名によっては修正が必要ですが。

awk 'BEGIN{for(i=0;i<=1000;i++){printf "%03d\n",i}}' |xargs -i test.py sample{}_A.pdb  sample{}_B.pdb | tee -a test.txt

Comments

[kak]

早速のご回答ありがとうございました！サンプルが0001から1000でしたので,　'BEGIN{for(i=1;i<=1000;i++){printf "%04d\n",i}}'　に変えて上手くいきました。
awkについて勉強してみます。

[KojiDoi]

awkの代わりに
seq -w 1 1000
の方が簡単でしたね。

[kak]

なるほど、seqも使えるんですね。ありがとうございます。宿題にします。