SetActive(false); だと非アクティブになってしまうからです。
私達も一旦寝てしまったら、起きるまでは何もできないですよね。そんな感じです。
だったら目覚ましで起こすようなイメージで、オブジェクトを管理する別オブジェクトを用意すればOKです
Unityで「Cube」を作って1個おいておきます。
次に「Create Empty」で空のゲームオブジェクトを作ります。
下記のスクリプトを**「空のゲームオブジェクト」にアタッチ**します。
C#
1    GameObject myCube;
2
3    void Start() {
4        myCube = GameObject.Find("Cube"); // 対象のゲームオブジェクト
5    }
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7    void Update() {
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9        // マウスクリックしたとき
10        if (Input.GetMouseButtonDown(0)) {
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12            // 対象のオブジェクトがアクティブか?
13            if (myCube.activeInHierarchy) { 
14                myCube.SetActive(false); // 対象のオブジェクトを非表示にする
15            } else {
16                myCube.SetActive(true); // 対象のオブジェクトを表示する
17            }
18        }
19
20    }
実行して画面をクリックしていくと、クリックのたびにCubeが出たり消えたりするはずです。
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