複数のスライス画像を3次元的に解析したい

Question

複数の2次元のスライス画像を用いて、3次元的な解析のために、bmpファイル（配列）を作りたいのですが、調べても良く分かりませんでした。

よろしくお願い致します。

Comments

[tiitoi]

「スライス画像」「3次元的なbmpファイル」の意味がよくわからないので、質問欄を編集して補足していただけますか

[8524ba23]

たとえば縦2x横3の赤、緑、青、白の画像が4個あるとき、どのようなbmpファイル（配列）になるか明示ください。また、出来ている部分だけでよいのでソースコードを提示ください。

[tachikoma]

ビットマップのフォーマットに関する質問なんですかね。

[退会済みユーザー]

勉強不足で申し訳ないのですが、「縦2x横3の赤、緑、青、白の画像が4個あるとき」というのがよく分かりません。

[tiitoi]

編集いただきましたが、正直まだ意味がよくわからないです。質問の背景や「どういう入力があって、どういう出力を作りたいのか」ということを説明いただけますか？「bmpファイル（配列）」も意味がよくわからないです。bmp ファイルとして保存したいのか、各画素を表す (高さ、幅、チャンネル) の配列を作りたいのかどちらでしょうか？

[8524ba23]

質問文を具体例に置き換えただけです。「複数の」→「赤、緑、青、白の画像が4個」、「2次元のスライス画像」→「縦2x横3の～画像」。おそらく「何が（分からないのか）なんだかわからない」のようなので、もう少し問題を整理した後に質問ください。あとスライス方向はすべて同じ（平行）で、直交などはしていないですよね。分からなければ無視してください。

[tachikoma]

縦横と高さ(スライスの枚数？)とカラーチャネル(グレーなら1、RGBなら3)のそれぞれの具体的な数字分かります？

[退会済みユーザー]

tiff形式で、180×132, 10 グレーなので１です。

[8524ba23]

追記ありがとうございます。「bmpファイル（配列）」についてより詳しく説明ください。またtiff読込部分までなどでもよいので現状のソースコードを提示ください。

[退会済みユーザー]

2次元画像を3次元の配列に変換したいです。現在はimageJでtiff画像を開いているだけです。。

Answer 1

tiff形式で、180×132, 10 グレーなので１です。

10枚読み込んで180×132x10のvoxelデータを表す配列を作りたいわけですね。tifの読み込みにはPillowを使いましょうか。ここではファイル名がimg00.tif, ..., img09.tifという連番だとします。

import numpy as np
from PIL import Image

images = []
for i in range(10):
    fname = "img{:02d}.tif".format(i)
    img = Image.open(fname)
    images.append(np.array(img))

voxel_data = np.stack(images, axis=-1)
print(voxel_data.shape)
# should be 180×132x10