python(numpy)でloopを使った全計算結果をcsvファイルに保存する方法

Question

前提・実現したいこと

大学で研究の過程でクリギングという地球統計学の分析手法のプログラムを作成しています。
pythonを始めて1週間の未熟者ですが、どうかお力をお貸しください。
3301deta.csvというファイルには21行3列のx,y,z値が入っています。
120行3列で計算結果を抽出したいのですが、loopを使っているせいか、csvファイルに計算結果を抽出すると最終行のみ表示されてしまいます。
どのようにプログラムを変更すれば計算結果すべてがcsvファイルに表示できるようになるでしょうか。よろしくお願いいたします。

該当のソースコード

# 標元データのファイル名を指定する
file_name = '3301deta.csv'
#ボーリングの本数
bn = 21

param[3] = 2332
param[4] = 1512

# 元データを読み込み、配列に格納する
source_arr = np.genfromtxt(file_name, delimiter=',', skip_header=1)

#最尤推定値の計算
#準備
def vario(a):
	b = squareform(pdist(a[:, 0:2], 'euclidean'))
	return b
l_vario = vario(source_arr)
#モデル近似後のバリオグラムの行列
a = np.exp(l_vario/param[3]*(-1))
h_vario = param[4]*(1-a)
#行列に１と０を追加
c = np.append(h_vario, [[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]], axis=0)
d = np.append(c, [[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[0]], axis=1)
#逆行列を求める
e = np.linalg.inv(d)
#求める推定値の座標
x = np.arange(-7130, -6680, 3.75)
x1 = x[:, np.newaxis]
y = np.arange(-262730, -261530, 10)
y1 = y[:, np.newaxis]
x1y1 = np.hstack([x1,y1])

for num in range (0,120) :
	xy0 = x1y1[num, ]
	xy1 = np.tile(xy0, (21,1))
	xydata1 = np.loadtxt("3301deta.csv", delimiter=",", skiprows=1,)
	xydata=np.delete(xydata1, [2], axis=1)
	xy = xy1-xydata
	#距離
	xys1 = np.delete(xy,[1],axis=1)
	xys2 = np.delete(xy,[0],axis=1)
	xys3 = np.power(xys1, 2)
	xys4 = np.power(xys2, 2)
	xys5 = xys3 + xys4
	xys6 = np.sqrt(xys5)
	#バリオグラム近似
	xyv1 = np.exp(xys6/param[3]*(-1))
	xyv2 = param[4]*(1-xyv1)
	xyv3 = np.append(xyv2, [[1]], axis=0)
	#逆行列との積
	f = np.dot(e,xyv3)
	h = f[:bn,]
	#推定値算出
	i = np.delete(xydata1, [0,1], axis=1)
	j = i * h
	est = np.sum(j)

	#推定誤差標準偏差
	k = h * xyv2
	sig2 = np.sum(k)
	sig = np.sqrt(sig2)
	sigp = est + sig
	sigm = est - sig
	res = np.array([est, sigp, sigm])
np.savetxt("extract.csv", res, delimiter=",")

Answer 1

元のコードをなるべく使うならこうですかね。

...
for ...:
    ... 
    with open("extract.csv","a") as f:
        print(*res, sep=",", file=f)

Comments

[sh.kyoto-u]

早速の回答ありがとうございます。csvファイルに抽出することができました。本当に助かりました！

Answer 2

現状は loop 中に計算した値を捨ててしまっているので、それを蓄積する形に変更する必要があります。例えば次のように変更すると、 res に値が蓄積されていき、無事に全行保存できるようになるのではないかと思います。

- for num in range (0,120) :
+ res = np.array([])
+ for num in range (0,120) :

-    res = np.array([est, sigp, sigm])
+    res = np.vstack([res, [est, sigp, sigm]])

デバッグ中は、各 loop の末尾で print(res.shape) 等として現状のサイズを出力されると、状況がよりわかりやすくなるのではないかと思います。

お試しになってみてください。

Comments

[sh.kyoto-u]

早速の回答本当にありがとうございます。しかし、なぜかエラーが出てしまいます、、、

[gh640]

そうでしたか。解決されたようですのでエラーの解決は不要ですね。解決されたとのことでよかったです :)