質問をすることでしか得られない、回答やアドバイスがある。

15分調べてもわからないことは、質問しよう!

ただいまの
回答率

88.63%

python(numpy)でloopを使った全計算結果をcsvファイルに保存する方法

解決済

回答 2

投稿 編集

  • 評価
  • クリップ 0
  • VIEW 682

sh.kyoto-u

score 13

 前提・実現したいこと

大学で研究の過程でクリギングという地球統計学の分析手法のプログラムを作成しています。
pythonを始めて1週間の未熟者ですが、どうかお力をお貸しください。
3301deta.csvというファイルには21行3列のx,y,z値が入っています。
120行3列で計算結果を抽出したいのですが、loopを使っているせいか、csvファイルに計算結果を抽出すると最終行のみ表示されてしまいます。
どのようにプログラムを変更すれば計算結果すべてがcsvファイルに表示できるようになるでしょうか。よろしくお願いいたします。

 該当のソースコード

# 標元データのファイル名を指定する
file_name = '3301deta.csv'
#ボーリングの本数
bn = 21

param[3] = 2332
param[4] = 1512

# 元データを読み込み、配列に格納する
source_arr = np.genfromtxt(file_name, delimiter=',', skip_header=1)

#最尤推定値の計算
#準備
def vario(a):
    b = squareform(pdist(a[:, 0:2], 'euclidean'))
    return b
l_vario = vario(source_arr)
#モデル近似後のバリオグラムの行列
a = np.exp(l_vario/param[3]*(-1))
h_vario = param[4]*(1-a)
#行列に1と0を追加
c = np.append(h_vario, [[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]], axis=0)
d = np.append(c, [[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[1],[0]], axis=1)
#逆行列を求める
e = np.linalg.inv(d)
#求める推定値の座標
x = np.arange(-7130, -6680, 3.75)
x1 = x[:, np.newaxis]
y = np.arange(-262730, -261530, 10)
y1 = y[:, np.newaxis]
x1y1 = np.hstack([x1,y1])

for num in range (0,120) :
    xy0 = x1y1[num, ]
    xy1 = np.tile(xy0, (21,1))
    xydata1 = np.loadtxt("3301deta.csv", delimiter=",", skiprows=1,)
    xydata=np.delete(xydata1, [2], axis=1)
    xy = xy1-xydata
    #距離
    xys1 = np.delete(xy,[1],axis=1)
    xys2 = np.delete(xy,[0],axis=1)
    xys3 = np.power(xys1, 2)
    xys4 = np.power(xys2, 2)
    xys5 = xys3 + xys4
    xys6 = np.sqrt(xys5)
    #バリオグラム近似
    xyv1 = np.exp(xys6/param[3]*(-1))
    xyv2 = param[4]*(1-xyv1)
    xyv3 = np.append(xyv2, [[1]], axis=0)
    #逆行列との積
    f = np.dot(e,xyv3)
    h = f[:bn,]
    #推定値算出
    i = np.delete(xydata1, [0,1], axis=1)
    j = i * h
    est = np.sum(j)

    #推定誤差標準偏差
    k = h * xyv2
    sig2 = np.sum(k)
    sig = np.sqrt(sig2)
    sigp = est + sig
    sigm = est - sig
    res = np.array([est, sigp, sigm])
np.savetxt("extract.csv", res, delimiter=",")
  • 気になる質問をクリップする

    クリップした質問は、後からいつでもマイページで確認できます。

    またクリップした質問に回答があった際、通知やメールを受け取ることができます。

    クリップを取り消します

  • 良い質問の評価を上げる

    以下のような質問は評価を上げましょう

    • 質問内容が明確
    • 自分も答えを知りたい
    • 質問者以外のユーザにも役立つ

    評価が高い質問は、TOPページの「注目」タブのフィードに表示されやすくなります。

    質問の評価を上げたことを取り消します

  • 評価を下げられる数の上限に達しました

    評価を下げることができません

    • 1日5回まで評価を下げられます
    • 1日に1ユーザに対して2回まで評価を下げられます

    質問の評価を下げる

    teratailでは下記のような質問を「具体的に困っていることがない質問」、「サイトポリシーに違反する質問」と定義し、推奨していません。

    • プログラミングに関係のない質問
    • やってほしいことだけを記載した丸投げの質問
    • 問題・課題が含まれていない質問
    • 意図的に内容が抹消された質問
    • 過去に投稿した質問と同じ内容の質問
    • 広告と受け取られるような投稿

    評価が下がると、TOPページの「アクティブ」「注目」タブのフィードに表示されにくくなります。

    質問の評価を下げたことを取り消します

    この機能は開放されていません

    評価を下げる条件を満たしてません

    評価を下げる理由を選択してください

    詳細な説明はこちら

    上記に当てはまらず、質問内容が明確になっていない質問には「情報の追加・修正依頼」機能からコメントをしてください。

    質問の評価を下げる機能の利用条件

    この機能を利用するためには、以下の事項を行う必要があります。

回答 2

checkベストアンサー

+1

元のコードをなるべく使うならこうですかね。

...
for ...:
    ... 
    with open("extract.csv","a") as f:
        print(*res, sep=",", file=f)

投稿

  • 回答の評価を上げる

    以下のような回答は評価を上げましょう

    • 正しい回答
    • わかりやすい回答
    • ためになる回答

    評価が高い回答ほどページの上位に表示されます。

  • 回答の評価を下げる

    下記のような回答は推奨されていません。

    • 間違っている回答
    • 質問の回答になっていない投稿
    • スパムや攻撃的な表現を用いた投稿

    評価を下げる際はその理由を明確に伝え、適切な回答に修正してもらいましょう。

  • 2018/11/13 12:30

    早速の回答ありがとうございます。csvファイルに抽出することができました。本当に助かりました!

    キャンセル

0

現状は loop 中に計算した値を捨ててしまっているので、それを蓄積する形に変更する必要があります。例えば次のように変更すると、 res に値が蓄積されていき、無事に全行保存できるようになるのではないかと思います。

- for num in range (0,120) :
+ res = np.array([])
+ for num in range (0,120) :

-    res = np.array([est, sigp, sigm])
+    res = np.vstack([res, [est, sigp, sigm]])

デバッグ中は、各 loop の末尾で print(res.shape) 等として現状のサイズを出力されると、状況がよりわかりやすくなるのではないかと思います。

お試しになってみてください。

投稿

編集

  • 回答の評価を上げる

    以下のような回答は評価を上げましょう

    • 正しい回答
    • わかりやすい回答
    • ためになる回答

    評価が高い回答ほどページの上位に表示されます。

  • 回答の評価を下げる

    下記のような回答は推奨されていません。

    • 間違っている回答
    • 質問の回答になっていない投稿
    • スパムや攻撃的な表現を用いた投稿

    評価を下げる際はその理由を明確に伝え、適切な回答に修正してもらいましょう。

  • 2018/11/13 12:28

    早速の回答本当にありがとうございます。しかし、なぜかエラーが出てしまいます、、、

    キャンセル

  • 2018/11/13 12:34

    そうでしたか。解決されたようですのでエラーの解決は不要ですね。解決されたとのことでよかったです :)

    キャンセル

15分調べてもわからないことは、teratailで質問しよう!

  • ただいまの回答率 88.63%
  • 質問をまとめることで、思考を整理して素早く解決
  • テンプレート機能で、簡単に質問をまとめられる

関連した質問

同じタグがついた質問を見る