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while read line で2行づつ処理したい(?)

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shotaroh

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while read line で2行づつ処理したいです。
あるいはそれに相当する処理が行いたいです。

現状、やりたいことは以下の通りです。
手元に、以下のようなファイルがある時に、

$ find | grep fastq
a_1.fastq
a_2.fastq
b_1.fastq
b_2.fastq
c_1.fastq
c_2.fastq

a, b, c に対して繰り返し以下のような処理を行いたい時に、どのように記述すればよいのでしょうか。

$ script [-i1 input_1.fastq] [-i2 input_2.fastq]

ご教授いただけたら幸いです。

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回答 3

checkベストアンサー

+1

以下のような感じでしょうか。

while true
do
    read line1
    read line2
    if [ -z "$line1" ] ; then break ; fi

    script -i1 $line1 -i2 $line2
done

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  • 2018/07/24 17:56

    できました!
    ありがとうございます。

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+1

こんな感じでしょうか。 

for a in *_1.fastq
do script -i1 $a -i2 ${a%%1.fastq}2.fastq
done

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+1

素直に書くとこうなります。これが普通でしょう。

while read a && read b
do script -i1 $a -i2 $b
done

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