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3次元配列を2次元配列に変換したい。

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halu0301

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 前提・実現したいこと

DICOM画像を扱っています。3次元配列から2次元配列へ分割。その後、2次元配列の画像を表示したい。
■■な機能を実装中に以下のエラーメッセージが発生しました。

 発生している問題・エラーメッセージ

[[0 0 0 ... 0 0 0]
[0 0 0 ... 0 0 0]
[0 0 0 ... 0 0 0]
...
[0 0 0 ... 0 0 0]
[0 0 0 ... 0 0 0]
[0 0 0 ... 0 0 0]]]
(380, 1024, 1024)
[array([[[0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
[0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
[0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
...,
[0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
[0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
[0, 0, 0, ..., 0, 0, 0]]], dtype=uint16), array([[[0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
[0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
[0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],

Traceback (most recent call last):
  File "C:/Users/Shimizu/PycharmProjects/untitled1/Squeeze.py", line 26, in <module>
    plt . imshow(ds , cmap= 'gray')
  File "C:\Users\Shimizu\Anaconda3\lib\site-packages\matplotlib\pyplot.py", line 3101, in imshow
    **kwargs)
  File "C:\Users\Shimizu\Anaconda3\lib\site-packages\matplotlib\__init__.py", line 1717, in inner
    return func(ax, *args, **kwargs)
  File "C:\Users\Shimizu\Anaconda3\lib\site-packages\matplotlib\axes\_axes.py", line 5131, in imshow
    im.set_data(X)
  File "C:\Users\Shimizu\Anaconda3\lib\site-packages\matplotlib\image.py", line 622, in set_data
    raise TypeError("Invalid dimensions for image data")
TypeError: Invalid dimensions for image data

 該当のソースコード

pythonを使用しています。

print(doc)

filename = get_testdata_files( '18_06_01-07_45_54-STD.XA._.0002.0001.2018.06.01.12.59.47.78125.6620372' )[0]
dataset = pydicom . dcmread(filename)
print(dataset.pixel_array)
print(dataset.pixel_array . shape)

ds = dataset.pixel_array
ds = np.split(ds,380,axis=0)
print(ds)

 試したこと

知識がなく特になし

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回答 1

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+1

https://docs.scipy.org/doc/numpy-1.14.0/reference/generated/numpy.reshape.html

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  • 2018/06/25 13:46

    ご回答ありがとうございます。
    知識がなく申し訳ないのですが、3次元から2次元へと分割は出来ていると考えてよろしいのでしょうか?
    また、分割ができているとして、reshapeで整えないと画像表示出来ないという解釈で間違っていませんか?

    キャンセル

  • 2018/06/25 19:36

    手元にデータがないので、ダミーを作って確かめてみました。

    split後のshapeを確認すると(1, 1024, 1024)になっていませんか?
    .reshape(1024, 1024)するとうまくいきませんか?

    キャンセル

  • 2018/06/26 08:53

    ご回答ありがとうございます。
    下記の配列は既に(1,1024,1024)という配列になっているとの事でしょうか?
    また、380あったものを分割すると(1024,1024)の配列が380個出来ると思いますが、一つ一つの配列の形や画像を見るにはどのようにしたらよいのか全く分かりません。
    頼り切ってしまって申し訳ないです。
    [0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
    [0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
    [0, 0, 0, ..., 0, 0, 0]]], dtype=uint16), array([[[0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
    [0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],
    [0, 0, 0, ..., 0, 0, 0],

    キャンセル

  • 2018/06/26 12:44 編集

    ds = np.split(ds,380,axis=0)
    print(ds[0].shape)
    t = ds[0].reshape(1024, 1024)
    print(t.shape)

    キャンセル

  • 2018/06/26 16:12

    ありがとうございました。解決しました。
    今後ともよろしくお願い致します。
    助かりました。

    キャンセル

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