Djangoで初期のmigrateが出来ない。(`disk I/O error`)

Question

事象

タイトルの通りです。
Djangoで新規プロジェクトを作成し、初期のmigrateをすると、`disk I/O error)が発生します。

元々ローカルで開発を行っており、あらかた動いたのでクラウド環境に移そうと考えていました。

移す前に、クラウド環境でdjangoプロジェクトが作れて実行確認できるか試したところ、今回の事象が発生しました。

環境

当該事象が発生するクラウド環境は以下の通りです。

$ cat /etc/redhat-release 
CentOS Linux release 7.5.1804 (Core) 

$ python -V
Python 3.6.5

$ pip list | grep Django
Django (2.0.5)

$ sqlite3 -version
3.7.17 2013-05-20 00:56:22 118a3b35693b134d56ebd780123b7fd6f1497668

手順

大きく２つの手順を試しました。

• いきなりmigrateをする
• makemigtationsをしてから、migrateをする

前述した通り、どちらの手順でもdisk I/O errorという不穏なエラーが発生します...

①いきなりmigrate

# djangoプロジェクトを新規作成
$ django-admin startproject dummy

# 移動
$ cd dummy

# マイグレーション
$ python manage.py migrate
Operations to perform:
  Apply all migrations: admin, auth, contenttypes, sessions
Running migrations:
Traceback (most recent call last):
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 239, in _commit
    return self.connection.commit()
sqlite3.OperationalError: disk I/O error

The above exception was the direct cause of the following exception:

Traceback (most recent call last):
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/migrations/recorder.py", line 55, in ensure_schema
    editor.create_model(self.Migration)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/sqlite3/schema.py", line 28, in __exit__
    super().__exit__(exc_type, exc_value, traceback)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/schema.py", line 108, in __exit__
    self.atomic.__exit__(exc_type, exc_value, traceback)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/transaction.py", line 212, in __exit__
    connection.commit()
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 261, in commit
    self._commit()
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 239, in _commit
    return self.connection.commit()
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/utils.py", line 89, in __exit__
    raise dj_exc_value.with_traceback(traceback) from exc_value
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 239, in _commit
    return self.connection.commit()
django.db.utils.OperationalError: disk I/O error

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "manage.py", line 15, in <module>
    execute_from_command_line(sys.argv)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/__init__.py", line 371, in execute_from_command_line
    utility.execute()
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/__init__.py", line 365, in execute
    self.fetch_command(subcommand).run_from_argv(self.argv)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/base.py", line 288, in run_from_argv
    self.execute(*args, **cmd_options)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/base.py", line 335, in execute
    output = self.handle(*args, **options)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/commands/migrate.py", line 200, in handle
    fake_initial=fake_initial,
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/migrations/executor.py", line 91, in migrate
    self.recorder.ensure_schema()
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/migrations/recorder.py", line 57, in ensure_schema
    raise MigrationSchemaMissing("Unable to create the django_migrations table (%s)" % exc)
django.db.migrations.exceptions.MigrationSchemaMissing: Unable to create the django_migrations table (disk I/O error)

②makemigrationsしてから、migrate

# djangoプロジェクトを新規作成
$ django-admin startproject dummy

# 移動
$ cd dummy

# マイグレーション
$ python manage.py makemigrations
No changes detected
$ 
$ python manage.py migrate
Operations to perform:
  Apply all migrations: admin, auth, contenttypes, sessions
Running migrations:
  Applying contenttypes.0001_initial...Traceback (most recent call last):
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 239, in _commit
    return self.connection.commit()
sqlite3.OperationalError: disk I/O error

The above exception was the direct cause of the following exception:

Traceback (most recent call last):
  File "manage.py", line 15, in <module>
    execute_from_command_line(sys.argv)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/__init__.py", line 371, in execute_from_command_line
    utility.execute()
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/__init__.py", line 365, in execute
    self.fetch_command(subcommand).run_from_argv(self.argv)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/base.py", line 288, in run_from_argv
    self.execute(*args, **cmd_options)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/base.py", line 335, in execute
    output = self.handle(*args, **options)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/commands/migrate.py", line 200, in handle
    fake_initial=fake_initial,
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/migrations/executor.py", line 117, in migrate
    state = self._migrate_all_forwards(state, plan, full_plan, fake=fake, fake_initial=fake_initial)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/migrations/executor.py", line 147, in _migrate_all_forwards
    state = self.apply_migration(state, migration, fake=fake, fake_initial=fake_initial)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/migrations/executor.py", line 244, in apply_migration
    state = migration.apply(state, schema_editor)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/sqlite3/schema.py", line 28, in __exit__
    super().__exit__(exc_type, exc_value, traceback)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/schema.py", line 108, in __exit__
    self.atomic.__exit__(exc_type, exc_value, traceback)
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/transaction.py", line 212, in __exit__
    connection.commit()
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 261, in commit
    self._commit()
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 239, in _commit
    return self.connection.commit()
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/utils.py", line 89, in __exit__
    raise dj_exc_value.with_traceback(traceback) from exc_value
  File "/root/.virtualenvs/env1/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 239, in _commit
    return self.connection.commit()
django.db.utils.OperationalError: disk I/O error

試した事

SQLiteのバージョンアップ

ローカルで動いていたバージョン(3.19.3)や、最新版(3.23.1)に変更してみましたが、同様の事象となりました。

SQLiteへの接続

普通に繋がりました。

テーブルは、①の時はdjango_migrationsだけ、②の時はdjango_content_typeとdjango_migrationsだけあるような状況。

以下、接続状況。

$ sqlite3 db.sqlite3 
SQLite version 3.7.17 2013-05-20 00:56:22
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> 
sqlite> .tables
django_content_type  django_migrations  

SQLiteへのCreate table/Insert/Select

@hayataka2049 様からの質問を受け、試しましたところ、手動でのCreate table/Insert/Selectは正常に処理できました。

$ sqlite3 db.sqlite3 
SQLite version 3.7.17 2013-05-20 00:56:22
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> 
sqlite> create table dummy (id, name);
sqlite> .tables
django_migrations  django_session     dummy            
sqlite> 
sqlite> insert into dummy (id, name) values (1, 'hoge');
sqlite> 
sqlite> select * from dummy;
1|hoge

その他諸々、一日かけて調べて分からなかったため、tetatailにて質問させていただく事にしました。
よろしくお願い致します。

---

Teratailの文字数制限のせいで、書きたい情報が書けなかったので、Qiitaにも同じの書きました。
こちらも参考にしていただけると幸いです。
https://qiita.com/hnkyi/items/5f00d9eb5d7a91ef0b59

Comments

[hayataka2049]

sqlite3に手動でcreate tableやinsertしてもなりますか？

[hnkyi]

回答ありがとうございます。 試しましたところ、`create table`, `insert`, `select`は正常に処理できました。

[hnkyi]

https://qiita.com/hnkyi/items/5f00d9eb5d7a91ef0b59

[hayataka2049]

わかりませんね・・・他のプロセスとかにsqliteのファイル（db本体やジャーナルファイルなど）が捕まっちゃう可能性はありますか？

[hnkyi]

他のプロセスは動かしてないので、それはないと思われます...

[hnkyi]

SQLiteのオートコミットってどうやって外すかご存知でしょうか...??

[hnkyi]

解決しました！SELinuxがdisabledになってない場合に発生する事があるそうです。お騒がせしました...=> https://stackoverflow.com/questions/29244788/error-disk-i-o-error-on-a-newly-created-database

Answer 1

自己解決しました。

SELinuxがdisabledになっていない場合に、当該事象が発生する事があるようです。

https://stackoverflow.com/questions/29244788/error-disk-i-o-error-on-a-newly-created-database

getenforceで確認してdisabledだったので安心してたのですが、
再起動しないと反映されない事を忘れてました。
（いつdisabledになっていて、再起動してなかったのかは定かではないのですが...）