おそらくWindows上のAtomで実行しているのだろうと思いますが、PythonがAtomに見つけられないのだろうと思います。
例えば自分の場合、Python等の実行用にScript plugin(3.17.3)を入れてます。
Control+Shift+Bとすると動くのですが、あえて失敗させるために
Packages>Script>Configure Scriptで
Commandのところにでたらめなコマンド名(例えばpython6)を指定してRunすると・・・
text
1'python6' �́A���R�}���h�܂��͊O���R�}���h�A
2����\�ȃv���O�����܂��̓o�b�` �t�@�C���Ƃ��ĔF������Ă��܂���B
3[Finished in 0.071s]
とでました。これはWindowsのコマンドプロセッサーが
'python6'は、内部コマンドまたは外部コマンド、
操作可能なプログラムまたはバッチファイルとして認識されていません。
というメッセージを出力しているのが文字化けして見えたのだと思います。cmd.comはcodepage 932=MS ShiftJISでメッセージを表示しますが、Atomのコンソールはutf-8を期待しているためこうなってしまうのでしょう。
(以前も似たQ&Aがあってraccyさんが文字化けしたメッセージを完璧に言い当てておられましたので自分の回答はそれからの類推です。本当に上記のメッセージなのかどうかは確認してません。)
もしscript pluginをお使いなら
Package>Script>Configure Scriptで
CommandのところにインストールされているPythonのフルパス名を指定すれば動くのではないでしょうか?
例えば自分は
Command: C:/Program Files/Python36/python.exe
と指定し、このconfigurationを指定して実行すると動かせました。
上記の多くは(質問者さんの環境も含め)推測が含まれてます。もし外してたらゴメンナサイ。
質問コメントでy_waiwaiさんが指摘してますように、なるべく詳しく自分の環境を書いた方がよいと思います。
OSはなにか、何を用いて動かしてるのか(Pythonだけじゃぁわかりません。コマンドプロンプトから実行できてもAtomからだと動かないこともあります)、Atomで動かしているなら何のプログインを入れてるか(atom-runnerなら動かなくてScriptなら動くってっこともあるでしょう)、その設定はどうしているのか等々・・・