「セキュリティホール」として思いつくのは「インデックスファイルの削除によってWeb上のファイル一覧がブラウザで見えてしまう」というものですね。
例えば http://XXXXXX/hogehoge/ というURL指定をした時に hogehoge/ に index.html などのインデックスファイルが無いと、ブラウザには hogehoge/ 配下のファイル一覧が表示されます。
通常はそうならないようにWebサーバでなんらかの対策をしますが、その対策漏れは無く、今後も絶対に無い・・・ともいえないので、元のページ(インデックスファイル)を残しつつ対応するということでしょうか。
ただそれは「インデックスファイルを差し替えてリダイレクトさせます」とう話しなら大丈夫と思いますが。
あとは・・・「セキュリティホール」ではなくユーザにとっての危険性としてなら、ページが無くなったことを利用ユーザ全員を特定して教えてあげることはできないので、悪意のある人がそのページの複製を作り、誰かがそのページを見たくて探し出した場合に偽サイトにたどり着く、といったことを思いつきました。
正式なページが正しい管理下のもとで残っていれば、訪れた利用ユーザが安心できますね。
金融系のサイトなどでログイン画面のデザインが変わった時などは、誰かが作った偽の旧ログイン画面にユーザがたどり着いてユーザがアカウント情報を入力・・・ということが起こらないよう結構気を使っているのではないでしょうか。
とまぁこんなところですかね。。。