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networkxを使った描画

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R.Shigemori

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 実現したいこと

networkxを用いてネットワーク図の作成をしています。描画そのものはできるのですが、実行するたびに図の形状が異なったものになります。これを常に同じものにしたいと思います。

 該当コード

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

g = nx.Graph()

g.add_nodes_from([1,2], size=10)
g.add_nodes_from([3,4], size=20)


g.add_edge(1,2,weight=2)
g.add_edge(1,3,weight=4)
g.add_edge(1,4,weight=6)

g.add_edge(2,3,weight=0.5)
g.add_edge(3,4,weight=0.25)

pos = nx.spring_layout(g)
nx.draw_networkx(g,pos=pos)

plt.show()

 その他

実行環境は以下の通りです。
OS:Windows 64bit
Python:3.6 系
networkx:1.11

各ノードのポジションは、nx.spring_layoutで計算しています。実行するたびにこの結果が異なることが原因のなので、何らかの方法で結果が固定となるようにできればと考えています。
nx.spring_layoutのオプションにpos(ポジションを外部から与えるためのもの)とfixed(計算結果を用いずに固定したポジションとしたいノードの指定)を使えば固定化できることはわかっています。しかしながら、それだとノード間の距離を踏まえたちょうどいい感じのポジションを自力で計算する必要があり、networkxを使用する必要がなくなってしまいます。
想像でしかありませんが、ポジション計算時の各ノードの初期設定ポジションがランダムなため、実行するたびに結果が異なるのではないかと考えています。したがって、機械学習系の関数にあるrandom_stateのようなオプションがあると安定化できそうなのですが、見当たりません。

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回答 1

checkベストアンサー

+1

キーワード「spring_layout random_state」でグーグル検索すると、最新バージョンのspring_layoutの引数にrandom_state が追加されています。
Githubを見ると2017年12月4日のこのプルリクエストで追加されたようです

回答としては、ライブラリのバージョンを2.1rcに上げてみてはどうでしょうか。になります。
失礼しました。Anaconda Cloudに2.1rcは現状アップされていませんでした。
pypiはソースコードのみの提供みたいです・・・

かなり危険な行為ですが、以下の操作で2.1rcを動かすことはできました。 1,2.1rcのソースコードをダウンロード&解凍。 2,Anaconda3\Lib\site-packagesのnetworkxフォルダ内のファイルを全削除 3,ダウンロードしたソースコードを上書き。

pip install ダウンロードしたzipファイル名 でインストールできました。(場合によっては管理者権限が必要かもです。)

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  • 2018/01/21 11:50

    回答ありがとうございます。キーワード「spring_layout random_state」でヒットするとは思っていませんでした。実はpypiからのインストール経験はないのですが、試行錯誤してみます。

    キャンセル

  • 2018/01/21 12:07

    はい、大体似たような問題で他の人が悩まれてる事が多いので、汎用的なキーワードで検索するとHITすることがおおいです。
    回答の補足なのですが、今さっき気づいた事が1点あって、もしも Anacondaを導入してる場合は他の仮想環境を汚さないようにcondaで環境をactivateした後にpip installしたほうがいいかもです。その点漏れてました。。申し訳ないです。。

    キャンセル

  • 2018/01/22 00:04

    思いつき程度だったのですが、spring_layoutを実行する前に乱数のシードの設定(random.seedを使用)を行ったところ、描画が固定化しました。当面、アップグレードせずにこの方法で対応しようと思います。

    いろいろとお世話になりました。

    キャンセル

  • 2018/01/22 00:47

    なるほどー、情報のフィードバックありがとうございました。

    キャンセル

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