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pythonで Cannot allocate memory エラー

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TakaSasa

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pythonで下記のコードを流したときに、[OSError: [Errno 12] Cannot allocate memory]が発生します。
どのように対策をすればいいか、ご教授願えませんでしょうか。

>subprocess.call(cmd, shell=True)

Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/usr/lib/python3.5/subprocess.py", line 557, in call
with Popen(*popenargs, **kwargs) as p:
File "/usr/lib/python3.5/subprocess.py", line 947, in init
restore_signals, start_new_session)
File "/usr/lib/python3.5/subprocess.py", line 1490, in _execute_child
restore_signals, start_new_session, preexec_fn)
OSError: [Errno 12] Cannot allocate memory

<それに至るまでの処理>
BigQueryからデータを取得し、結果をcsvファイルに保存します。
その後、GCPに転送するコマンドを発行しようとしたところでエラーが発生します。

df = pd.read_gbq(query, project_name, verbose=False, dialect ='standard')
df_insert.to_csv(csv_file_name, index=False)
cmd = 'bq rm -f '+(BigQueryのテーブル名)
subprocess.call(cmd, shell=True)

<試したこと>
del df
gc.collect()
⇒メモリ解放してみたがエラー。各変数の使用メモリを調べ、大きな容量の変数を全て削除し、同様のことを行ったが同じ結果。

subprocess.call('ls') ⇒同じエラー。コマンドの内容には左右されないことが分かる。

この状態で別のターミナルでログインし、pythonを起動した後、
すぐに下記を実行(pandasでデータを取得する処理をパスし。cmdの値は代入した)
subprocess.call(cmd) ⇒正常に実行された。

恐らく、pythonのメモリはgc.collect()で解放されたけど、
subprocessを呼び出すのに必要なC側のメモリが解放されていないのだと思います。
df_insert.to_csvがCで実行されており、その時にメモリ解放が上手くできていないものと予測しています。

この場合に、C側のメモリをpythonから開放するなど、
対応策が浮かぶ方はいらっしゃいますでしょうか。

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+1

つhttps://bugs.python.org/issue31814
subprocessがfork(2)で実装されているのが原因です。

事前にコマンド実行用のプロセスを起動しておいて、処理後にキックするのが良いと思います。

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  • 2018/01/15 15:28

    ご回答ありがとうございました。
    回避策も教えてくださり、助かりました。

    キャンセル

+1

pythonではメモリを開放してもOSにかえすとは限らないので…

以下のリンクが役に立つかもしれません。
https://stackoverflow.com/questions/15455048/releasing-memory-in-python

pythonでそのデータを使わないのなら、その作業をsubprocessに投げれば処理が終わった後にsubprocessがキルされてOSにメモリが返却されます。
https://mail.python.org/pipermail/python-list/2016-April/707455.html

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  • 2018/01/15 15:28

    ご回答ありがとうございました。
    >pythonではメモリを開放してもOSにかえすとは限らないので…
    おかげさまで原因が明確になりました。

    キャンセル

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