pythonで Cannot allocate memory エラー
解決済
回答 2
投稿
- 評価
- クリップ 2
- VIEW 6,813
pythonで下記のコードを流したときに、[OSError: [Errno 12] Cannot allocate memory]が発生します。
どのように対策をすればいいか、ご教授願えませんでしょうか。
>subprocess.call(cmd, shell=True)
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/usr/lib/python3.5/subprocess.py", line 557, in call
with Popen(*popenargs, **kwargs) as p:
File "/usr/lib/python3.5/subprocess.py", line 947, in init
restore_signals, start_new_session)
File "/usr/lib/python3.5/subprocess.py", line 1490, in _execute_child
restore_signals, start_new_session, preexec_fn)
OSError: [Errno 12] Cannot allocate memory
<それに至るまでの処理>
BigQueryからデータを取得し、結果をcsvファイルに保存します。
その後、GCPに転送するコマンドを発行しようとしたところでエラーが発生します。
df = pd.read_gbq(query, project_name, verbose=False, dialect ='standard')
df_insert.to_csv(csv_file_name, index=False)
cmd = 'bq rm -f '+(BigQueryのテーブル名)
subprocess.call(cmd, shell=True)
<試したこと>
del df
gc.collect()
⇒メモリ解放してみたがエラー。各変数の使用メモリを調べ、大きな容量の変数を全て削除し、同様のことを行ったが同じ結果。
subprocess.call('ls') ⇒同じエラー。コマンドの内容には左右されないことが分かる。
この状態で別のターミナルでログインし、pythonを起動した後、
すぐに下記を実行(pandasでデータを取得する処理をパスし。cmdの値は代入した)
subprocess.call(cmd) ⇒正常に実行された。
恐らく、pythonのメモリはgc.collect()で解放されたけど、
subprocessを呼び出すのに必要なC側のメモリが解放されていないのだと思います。
df_insert.to_csvがCで実行されており、その時にメモリ解放が上手くできていないものと予測しています。
この場合に、C側のメモリをpythonから開放するなど、
対応策が浮かぶ方はいらっしゃいますでしょうか。
-
気になる質問をクリップする
クリップした質問は、後からいつでもマイページで確認できます。
またクリップした質問に回答があった際、通知やメールを受け取ることができます。
クリップを取り消します
-
良い質問の評価を上げる
以下のような質問は評価を上げましょう
- 質問内容が明確
- 自分も答えを知りたい
- 質問者以外のユーザにも役立つ
評価が高い質問は、TOPページの「注目」タブのフィードに表示されやすくなります。
質問の評価を上げたことを取り消します
-
評価を下げられる数の上限に達しました
評価を下げることができません
- 1日5回まで評価を下げられます
- 1日に1ユーザに対して2回まで評価を下げられます
質問の評価を下げる
teratailでは下記のような質問を「具体的に困っていることがない質問」、「サイトポリシーに違反する質問」と定義し、推奨していません。
- プログラミングに関係のない質問
- やってほしいことだけを記載した丸投げの質問
- 問題・課題が含まれていない質問
- 意図的に内容が抹消された質問
- 過去に投稿した質問と同じ内容の質問
- 広告と受け取られるような投稿
評価が下がると、TOPページの「アクティブ」「注目」タブのフィードに表示されにくくなります。
質問の評価を下げたことを取り消します
この機能は開放されていません
評価を下げる条件を満たしてません
質問の評価を下げる機能の利用条件
この機能を利用するためには、以下の事項を行う必要があります。
- 質問回答など一定の行動
-
メールアドレスの認証
メールアドレスの認証
-
質問評価に関するヘルプページの閲覧
質問評価に関するヘルプページの閲覧
checkベストアンサー
+1
つhttps://bugs.python.org/issue31814
subprocessがfork(2)で実装されているのが原因です。
事前にコマンド実行用のプロセスを起動しておいて、処理後にキックするのが良いと思います。
投稿
-
回答の評価を上げる
以下のような回答は評価を上げましょう
- 正しい回答
- わかりやすい回答
- ためになる回答
評価が高い回答ほどページの上位に表示されます。
-
回答の評価を下げる
下記のような回答は推奨されていません。
- 間違っている回答
- 質問の回答になっていない投稿
- スパムや攻撃的な表現を用いた投稿
評価を下げる際はその理由を明確に伝え、適切な回答に修正してもらいましょう。
+1
pythonではメモリを開放してもOSにかえすとは限らないので…
以下のリンクが役に立つかもしれません。
https://stackoverflow.com/questions/15455048/releasing-memory-in-python
pythonでそのデータを使わないのなら、その作業をsubprocessに投げれば処理が終わった後にsubprocessがキルされてOSにメモリが返却されます。
https://mail.python.org/pipermail/python-list/2016-April/707455.html
投稿
-
回答の評価を上げる
以下のような回答は評価を上げましょう
- 正しい回答
- わかりやすい回答
- ためになる回答
評価が高い回答ほどページの上位に表示されます。
-
回答の評価を下げる
下記のような回答は推奨されていません。
- 間違っている回答
- 質問の回答になっていない投稿
- スパムや攻撃的な表現を用いた投稿
評価を下げる際はその理由を明確に伝え、適切な回答に修正してもらいましょう。
15分調べてもわからないことは、teratailで質問しよう!
- ただいまの回答率 88.35%
- 質問をまとめることで、思考を整理して素早く解決
- テンプレート機能で、簡単に質問をまとめられる
2018/01/15 15:28
回避策も教えてくださり、助かりました。