回答編集履歴
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以下のリンクが役に立つかもしれません。
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https://stackoverflow.com/questions/15455048/releasing-memory-in-python
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pythonでそのデータを使わないのなら、その作業をsubprocessに投げれば処理が終わった後にsubprocessがキルされてOSにメモリが返却されます。
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https://mail.python.org/pipermail/python-list/2016-April/707455.html
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