Raspberry PiにおけるPython3.7へのnumbaライブラリのインストールができません。

Question

Raspberry Pi4Bにおいて、Python3.7へnumbaライブラリをインストールし、@jitの機能によってプログラムの高速処理を図ろうと考えています。
しかしながら、numbaライブラリのインストールに失敗してしまい、困っています。

下記のコードをLxTerminalに入力し実行しました。

$ sudo apt install llvm-9
$ cd /usr/bin
$ ln -s llvm-config-9 llvm-config
$ pip3 install numba==0.53.1

実行した結果、表示されたエラーについては下記の通りです。

pi@raspberrypi:/usr/bin $ sudo apt install llvm-9
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています                
状態情報を読み取っています... 完了
llvm-9 はすでに最新バージョン (1:9.0.1-6+rpi1~bpo10+1) です。
アップグレード: 0 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 0 個。
pi@raspberrypi:/usr/bin $ cd /usr/bin
pi@raspberrypi:/usr/bin $ ln -s llvm-config-9 llvm-config 
ln: シンボリックリンク 'llvm-config' の作成に失敗しました: ファイルが存在します
pi@raspberrypi:/usr/bin $ pip3 install numba==0.53.1
Defaulting to user installation because normal site-packages is not writeable
Looking in indexes: https://pypi.org/simple, https://www.piwheels.org/simple
Collecting numba==0.53.1
  Using cached https://www.piwheels.org/simple/numba/numba-0.53.1-cp37-cp37m-linux_armv7l.whl (3.0 MB)
Requirement already satisfied: setuptools in /home/pi/.local/lib/python3.7/site-packages (from numba==0.53.1) (60.7.1)
Requirement already satisfied: numpy>=1.15 in /usr/local/lib/python3.7/dist-packages (from numba==0.53.1) (1.21.3)
Collecting llvmlite<0.37,>=0.36.0rc1
  Using cached llvmlite-0.36.0.tar.gz (126 kB)
  Preparing metadata (setup.py) ... done
Building wheels for collected packages: llvmlite
  Building wheel for llvmlite (setup.py) ... error
  error: subprocess-exited-with-error
  
  × python setup.py bdist_wheel did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [14 lines of output]
      running bdist_wheel
      LLVM version... 7.0.1
      
      Traceback (most recent call last):
        File "/tmp/pip-install-awb__bdi/llvmlite_aa78319e70594c14b49ec40ab427ef30/ffi/build.py", line 220, in <module>
          main()
        File "/tmp/pip-install-awb__bdi/llvmlite_aa78319e70594c14b49ec40ab427ef30/ffi/build.py", line 210, in main
          main_posix('linux', '.so')
        File "/tmp/pip-install-awb__bdi/llvmlite_aa78319e70594c14b49ec40ab427ef30/ffi/build.py", line 172, in main_posix
          raise RuntimeError(msg)
      RuntimeError: Building llvmlite requires LLVM 10.0.x or 9.0.x, got '7.0.1'. Be sure to set LLVM_CONFIG to the right executable path.
      Read the documentation at http://llvmlite.pydata.org/ for more information about building llvmlite.
      
      error: command '/usr/bin/python' failed with exit code 1
      [end of output]
  
  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
  ERROR: Failed building wheel for llvmlite
  Running setup.py clean for llvmlite
Failed to build llvmlite
Installing collected packages: llvmlite, numba
  Running setup.py install for llvmlite ... error
  error: subprocess-exited-with-error
  
  × Running setup.py install for llvmlite did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [19 lines of output]
      running install
      /home/pi/.local/lib/python3.7/site-packages/setuptools/command/install.py:37: SetuptoolsDeprecationWarning: setup.py install is deprecated. Use build and pip and other standards-based tools.
        setuptools.SetuptoolsDeprecationWarning,
      running build
      got version from file /tmp/pip-install-awb__bdi/llvmlite_aa78319e70594c14b49ec40ab427ef30/llvmlite/_version.py {'version': '0.36.0', 'full': 'e6bb8d137d922bec8beeb01a237254778759becd'}
      running build_ext
      LLVM version... 7.0.1
      
      Traceback (most recent call last):
        File "/tmp/pip-install-awb__bdi/llvmlite_aa78319e70594c14b49ec40ab427ef30/ffi/build.py", line 220, in <module>
          main()
        File "/tmp/pip-install-awb__bdi/llvmlite_aa78319e70594c14b49ec40ab427ef30/ffi/build.py", line 210, in main
          main_posix('linux', '.so')
        File "/tmp/pip-install-awb__bdi/llvmlite_aa78319e70594c14b49ec40ab427ef30/ffi/build.py", line 172, in main_posix
          raise RuntimeError(msg)
      RuntimeError: Building llvmlite requires LLVM 10.0.x or 9.0.x, got '7.0.1'. Be sure to set LLVM_CONFIG to the right executable path.
      Read the documentation at http://llvmlite.pydata.org/ for more information about building llvmlite.
      
      error: command '/usr/bin/python' failed with exit code 1
      [end of output]
  
  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
error: legacy-install-failure

× Encountered error while trying to install package.
╰─> llvmlite

note: This is an issue with the package mentioned above, not pip.
hint: See above for output from the failure.

またこれらは下記リンクのページを参考に行いました。

Qiita：raspi3B+にnumba-0.53.1をインストールする

使用環境は以下の通りです。

使用デバイス：Raspberry Pi 4 modelB (4GB)
OS：Raspberry Pi OS（Raspberry PiImagerを使用しインストール）
Pythonaバージョン：Python3.73

もしインストールに成功した方や知見のある方がいらっしゃいましたら、アドバイスいただけますと非常にありがたいです。

初心者かつ素人ではありますが、どうかよろしくお願いいたします。

【追記】2022/02/09
下記コードをLxTerminalで実行した結果、ホームフォルダ(pi)直下にnumbaライブラリのフォルダがインストールされてしまい、python上で「from numba import jit」を実行してもエラーとなってしまいました。「import numba」を実行した場合はエラーは出ませんでしたが、@jitの機能は使用できませんでした。

pi@raspberrypi:~ $ sudo apt-get install  llvm

pi@raspberrypi:~ $ git clone https://github.com/numba/numba.git

Comments

[jbpb0]

> pi@raspberrypi:/usr/bin $ ln -s llvm-config-9 llvm-config
ln: シンボリックリンク 'llvm-config' の作成に失敗しました: ファイルが存在します

ls -l /usr/bin/llvm-config

を実行した結果を教えてください

[hamatori]

ご質問ありがとうございます。
以下のようになりました。

pi@raspberrypi:~ $ ls -l /usr/bin/llvm-config
lrwxrwxrwx 1 root root 29 12月 26 2018 /usr/bin/llvm-config -> ../lib/llvm-7/bin/llvm-config

[jbpb0]

> pi@raspberrypi:/usr/bin $ ln -s llvm-config-9 llvm-config
ln: シンボリックリンク 'llvm-config' の作成に失敗しました: ファイルが存在します

の実行に失敗したために、下記の通り「/usr/bin/llvm-config」は現状LLVM 7の「llvm-config」ファイルを指したままですね

> lrwxrwxrwx 1 root root 29 12月 26 2018 /usr/bin/llvm-config -> ../lib/llvm-7/bin/llvm-config

そのため、aptでインストールしたLLVM 9が使われず、LLVM 7が使われて、下記のエラーになってるのだと思います

> RuntimeError: Building llvmlite requires LLVM 10.0.x or 9.0.x, got '7.0.1'.

cd /usr/bin
sudo mv llvm-config llvm-config-7
sudo ln -s llvm-config-9 llvm-config

を実行したら、「/usr/bin/llvm-config」がLLVM 9の「llvm-config-9」を指すようになり、LLVM 9が使われて、エラー出なくなるのではないですかね

[hamatori]

返信が遅くなり申し訳ありませんでした。
ご教授いただいた方法で、正常にnumbaライブラリをインストールすることができました。
本当にありがとうございました。

Answer 1

pi@raspberrypi:/usr/bin $ ln -s llvm-config-9 llvm-config
ln: シンボリックリンク 'llvm-config' の作成に失敗しました: ファイルが存在します

の実行に失敗したために、下記の通り「/usr/bin/llvm-config」は現状LLVM 7の「llvm-config」ファイルを指したままです

lrwxrwxrwx 1 root root 29 12月 26 2018 /usr/bin/llvm-config -> ../lib/llvm-7/bin/llvm-config

そのため、aptでインストールしたLLVM 9が使われず、LLVM 7が使われて、下記のエラーになってるのだと思います

RuntimeError: Building llvmlite requires LLVM 10.0.x or 9.0.x, got '7.0.1'.

　

cd /usr/bin
sudo mv llvm-config llvm-config-7
sudo ln -s llvm-config-9 llvm-config

を実行したら、「/usr/bin/llvm-config」がLLVM 9の「llvm-config-9」を指すようになり、LLVM 9が使われて、エラーが出なくなると思います

Answer 2

今手元にラズパイ4が無いのでラズパイ3で試してみましたが
普通にインストールできましたね。

Python     3.7.12
llvmlite   0.38.0
numba      0.55.1
numpy      1.21.5

pi@raspi1:$ python -c 'import numba; print(numba.__version__)'
0.55.1

出力されているエラーメッセージを一つずつ調べて潰していってください。

Comments

[hamatori]

ご回答ありがとうございます。

エラーメッセージをさらに確認し、ラズパイ4あるいは本使用環境特有の問題ではないか調べてみます。