git addできない

実現したいこと

git addできないのですが、どうすれば解決できますか？

前提

こちらの記事を参考に、DockerでPHP+nginx+MySQLの環境構築をしました。
できあがった環境をGitに上げようとしているのですが、git addでエラーが起こってしまいます。

  $ git add -A
  warning: LF will be replaced by CRLF in db/mysql/auto.cnf.
  The file will have its original line endings in your working directory
  warning: LF will be replaced by CRLF in db/mysql/ib_buffer_pool.
  The file will have its original line endings in your working directory
  error: open("db/mysql/mysql.sock"): Invalid argument
  error: unable to index file 'db/mysql/mysql.sock'
  fatal: adding files failed

試したこと

こちらの記事で解決策らしいものが書かれていたので、
当該ディレクトリの権限を調べてみたのですが、記事とは違い、全て自分のユーザー名になっていました。

$ ls -l db/mysql/
total 176275
-rw-r--r-- 1 myusr 197121       56  3月 28 14:56 auto.cnf
-rw-r--r-- 1 myusr 197121     1112  3月 28 14:56 ca.pem
-rw-r--r-- 1 myusr 197121     1676  3月 28 14:56 ca-key.pem
-rw-r--r-- 1 myusr 197121     1112  3月 28 14:56 client-cert.pem
-rw-r--r-- 1 myusr 197121     1676  3月 28 14:56 client-key.pem
-rw-r--r-- 1 myusr 197121      381  4月  3 15:02 ib_buffer_pool
-rw-r--r-- 1 myusr 197121 50331648  4月  3 15:02 ib_logfile0
-rw-r--r-- 1 myusr 197121 50331648  3月 28 14:56 ib_logfile1
-rw-r--r-- 1 myusr 197121 79691776  4月  3 15:02 ibdata1
drwxr-xr-x 1 myusr 197121        0  3月 28 14:56 mysql/
lrwxrwxrwx 1 myusr 197121       27  3月 31 14:24 mysql.sock -> /var/run/mysqld/mysqld.sock  # 自分のユーザー名になっている
drwxr-xr-x 1 myusr 197121        0  3月 28 14:56 performance_schema/
-rw-r--r-- 1 myusr 197121     1680  3月 28 14:56 private_key.pem
-rw-r--r-- 1 myusr 197121      452  3月 28 14:56 public_key.pem
-rw-r--r-- 1 myusr 197121     1112  3月 28 14:56 server-cert.pem
-rw-r--r-- 1 myusr 197121     1680  3月 28 14:56 server-key.pem
drwxr-xr-x 1 myusr 197121        0  3月 28 14:56 sys/
drwxr-xr-x 1 myusr 197121        0  3月 28 14:56 test_php/

もし、権限の設定を変えるとしたら、どういったコマンドを打てばよいでしょうか？
それとも権限の設定でない部分でエラーが起こっているのでしょうか？

ちなみにリポジトリ直下も、DB直下も自分のユーザー名になっていました。

$ ls -l
total 4
drwxr-xr-x 1 myusr 197121   0  3月 28 13:53 db/
-rw-r--r-- 1 myusr 197121 762  3月 28 17:06 docker-compose.yml
drwxr-xr-x 1 myusr 197121   0  3月 28 17:05 nginx/
drwxr-xr-x 1 myusr 197121   0  3月 28 13:19 php/

$ ls -l db/
total 4
drwxr-xr-x 1 myusr 197121 0  4月  3 15:02 mysql/

Dockerのコンテナは停止中であることも確認しています。