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Windows 10

Windows 10は、マイクロソフト社がリリースしたOSです。Modern UIを標準画面にした8.1から、10では再びデスクトップ主体に戻され、UIも変更されています。PCやスマホ、タブレットなど様々なデバイスに幅広く対応していることが特徴です。

Anaconda

Anacondaは、Python本体とPythonで利用されるライブラリを一括でインストールできるパッケージです。環境構築が容易になるため、Python開発者間ではよく利用されており、商用目的としても利用できます。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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trim-galoreインストール時にエラーが出る

YUKO

総合スコア1

Windows 10

Windows 10は、マイクロソフト社がリリースしたOSです。Modern UIを標準画面にした8.1から、10では再びデスクトップ主体に戻され、UIも変更されています。PCやスマホ、タブレットなど様々なデバイスに幅広く対応していることが特徴です。

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Anacondaは、Python本体とPythonで利用されるライブラリを一括でインストールできるパッケージです。環境構築が容易になるため、Python開発者間ではよく利用されており、商用目的としても利用できます。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2022/01/27 23:08

前提・実現したいこと

anaconda3でtrim-galoreを仮想環境(rnaseq)内でインストールしたいのですが、下記のようなエラーが出てしまいます。

発生している問題・エラーメッセージ

(rnaseq) PS C:\Users\test_user> conda install -c bioconda trim-galore Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Solving environment: - Found conflicts! Looking for incompatible packages. This can take several minutes. Press CTRL-C to abort. Examining @/win-64::__archspec==1=x86_64: 100%|██████████████████████████████████████████| 5/5 [00:00<00:00, 6.64it/s]/failed UnsatisfiableError:

試したこと

ネットで調べると”conda update conda”でアップデートしてから改めてインストールするとうまくいくと書いていたのですが、やってみてもダメでした。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

この仮想環境ではpython3.7.12が入っています。
プログラミング超初心者なので、どなたかご教授いただけないでしょうか。
宜しくお願い致します。

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回答1

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ベストアンサー

Anacondaで何も入っていない環境を新たに作って試してみましたが、同じエラーになります。
NETで調べても、Windowsではインストールできないようです。
考えてみれば、trim-galoreが呼び出すTrim Galore!はperlスクリプトなので、Windowsで動かないのは当たり前ですね。

WSLのほうで同様にやってみると以下のようになります。

python

1$ conda install -n rnaseq -c bioconda trim-galore 2Collecting package metadata (current_repodata.json): done 3Solving environment: done 4 5 6## Package Plan ## 7 8 environment location: /home/ppaul/anaconda3/envs/rnaseq 9 10 added / updated specs: 11 - trim-galore 12 13 14The following packages will be downloaded: 15 16 package | build 17 ---------------------------|----------------- 18 bz2file-0.98 | py37h06a4308_1 245 KB 19 cutadapt-1.18 | py37h14c3975_1 206 KB bioconda 20 fastqc-0.11.9 | hdfd78af_1 9.7 MB bioconda 21 font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37| hd3eb1b0_0 335 KB 22 freetype-2.11.0 | h70c0345_0 618 KB 23 glib-2.69.1 | h4ff587b_1 1.7 MB 24 openjdk-11.0.13 | h87a67e3_0 341.0 MB 25 perl-5.26.2 | h14c3975_0 10.5 MB 26 pigz-2.6 | h27cfd23_0 70 KB 27 trim-galore-0.6.7 | hdfd78af_0 42 KB bioconda 28 xopen-0.7.3 | py_0 11 KB bioconda 29 ------------------------------------------------------------ 30 Total: 364.4 MB 31 32The following NEW packages will be INSTALLED: 33 34 bz2file pkgs/main/linux-64::bz2file-0.98-py37h06a4308_1 35 cutadapt bioconda/linux-64::cutadapt-1.18-py37h14c3975_1 36 dbus pkgs/main/linux-64::dbus-1.13.18-hb2f20db_0 37 expat pkgs/main/linux-64::expat-2.4.1-h2531618_2 38 fastqc bioconda/noarch::fastqc-0.11.9-hdfd78af_1 39 font-ttf-dejavu-s~ pkgs/main/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-hd3eb1b0_0 40 fontconfig pkgs/main/linux-64::fontconfig-2.13.1-h6c09931_0 41 freetype pkgs/main/linux-64::freetype-2.11.0-h70c0345_0 42 glib pkgs/main/linux-64::glib-2.69.1-h4ff587b_1 43 icu pkgs/main/linux-64::icu-58.2-he6710b0_3 44 libpng pkgs/main/linux-64::libpng-1.6.37-hbc83047_0 45 libuuid pkgs/main/linux-64::libuuid-1.0.3-h7f8727e_2 46 libxcb pkgs/main/linux-64::libxcb-1.14-h7b6447c_0 47 libxml2 pkgs/main/linux-64::libxml2-2.9.12-h03d6c58_0 48 openjdk pkgs/main/linux-64::openjdk-11.0.13-h87a67e3_0 49 pcre pkgs/main/linux-64::pcre-8.45-h295c915_0 50 perl pkgs/main/linux-64::perl-5.26.2-h14c3975_0 51 pigz pkgs/main/linux-64::pigz-2.6-h27cfd23_0 52 trim-galore bioconda/noarch::trim-galore-0.6.7-hdfd78af_0 53 xopen bioconda/noarch::xopen-0.7.3-py_0 54 55 56Proceed ([y]/n)?

これらの結果からみると、Windowsではインストールできないので、WSLとかVertualBOXをインストールして、そのLinuxの中でtrim-galoreを使うのが良いでしょう。

投稿2022/01/28 02:18

ppaul

総合スコア24666

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YUKO

2022/02/08 23:16

ありがとうございます!ご教授の通りやってみたところインストールできました。 初心者で概念を理解するのが難しいですが、いろいろ触って学んでいきたいと思います。 本当にありがとうございます。
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