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R パッケージがMacOS12でインストールできない

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投稿2022/05/29 00:39

編集2022/06/28 15:21

やりたいこと と困っていること

Mac のターミナルを使用しています。Rパッケージ (methylKitなど) をインストールしているのですが、OS10.15ではうまくいった方法が、OS12でうまくいかないのでどこが問題なのか、教えていただきたく思います。OS12はzsh、OS10.15は、bashで使用しています。(ターミナルがそう立ち上がってくるからというだけの理由です。)

R

BiocManager::install("methylKit")

(最終的にインストールできない状態です)

自分で試したこと
(1) OS10.15で上手くいった方法

R(OS12)

% R の後、 > BiocManager::install("methylKit") # YES/No/cancelを聞かれる箇所ではYESを選択

(2) https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/methylKit.html
から、Installationに従う方法 [(1)とほぼ同じです]

R(OS12)

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("methylKit")

(3) YES/No/cancelを聞かれる直前に出てくるエラーメッセージへの対応

R(OS12)

ソースコードの形でのみ利用可能なパッケージです,C/C++/Fortran でコンパイルの必要があるかもしれません : ‘GenomicAlignments’ ‘Rsamtools’ ‘rtracklayer’ ‘Rhtslib’ ‘methylKit’

と表示されます。
古いネット情報で、

install.packages("○○", type = "source")

とすれば良いとしているサイトがありましたが、無効でした。 ○○ がmethylKitに相当します。

(4) エラーメッセージの中では、
最後の方で、

cram/cra 1:10: fatal error: 'lzma.h' file not found

と出ます。
[i] lzma.hは、minoconda3の中にあるのですが、whichで認識できません。export PATH でPATHを通して、echo $PATHでは、下記のように出るようにしてみたのですが、上手くゆきません。

/miniconda3/pkgs/xz-5.2.5-h1de35cc_0/include/lzma.h

ちなみに、OS10.15でも、lzma.hは同様の場所にありますが、installできます。
[ii] GitHub https://github.com/atks/vt/issues/70 で、

$ brew install homebrew/science/vt

が有効と最後に書かれていますが、homebrew/scienceは現在は継続されていないというエラーが出ます。
[iii] % brew doctorを行うと、下記のメッセージが出てくる状態です。

Warning: "config" scripts exist outside your system or Homebrew directories. `./configure` scripts often look for *-config scripts to determine if software packages are installed, and which additional flags to use when compiling and linking. Having additional scripts in your path can confuse software installed via Homebrew if the config script overrides a system or Homebrew-provided script of the same name. We found the following "config" scripts: /miniconda3/bin/vdb-config /miniconda3/bin/krb5-config /miniconda3/bin/python3.9-config /miniconda3/bin/python3-config /miniconda3/bin/curl-config /miniconda3/bin/ncursesw6-config

brew doctorで出る警告は関係しているのでしょうか。よろしくお願いいたします。

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