R パッケージがMacOS12でインストールできない

Question

やりたいこと　と困っていること

Mac のターミナルを使用しています。Rパッケージ (methylKitなど) をインストールしているのですが、OS10.15ではうまくいった方法が、OS12でうまくいかないのでどこが問題なのか、教えていただきたく思います。OS12はzsh、OS10.15は、bashで使用しています。(ターミナルがそう立ち上がってくるからというだけの理由です。）

BiocManager::install("methylKit")

（最終的にインストールできない状態です）

自分で試したこと
(1) OS10.15で上手くいった方法

% R の後、
> BiocManager::install("methylKit")

# YES/No/cancelを聞かれる箇所ではYESを選択

(2) https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/methylKit.html
から、Installationに従う方法 [(1)とほぼ同じです]

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("methylKit")

(3) YES/No/cancelを聞かれる直前に出てくるエラーメッセージへの対応

ソースコードの形でのみ利用可能なパッケージです，C/C++/Fortran
  でコンパイルの必要があるかもしれません : ‘GenomicAlignments’
  ‘Rsamtools’ ‘rtracklayer’ ‘Rhtslib’ ‘methylKit’

と表示されます。
古いネット情報で、

install.packages("○○", type = "source")

とすれば良いとしているサイトがありましたが、無効でした。　○○ がmethylKitに相当します。

(4) エラーメッセージの中では、
最後の方で、

cram/cra  1:10: fatal error: 'lzma.h' file not found

と出ます。
[i] lzma.hは、minoconda3の中にあるのですが、whichで認識できません。export PATH でPATHを通して、echo $PATHでは、下記のように出るようにしてみたのですが、上手くゆきません。

/miniconda3/pkgs/xz-5.2.5-h1de35cc_0/include/lzma.h

ちなみに、OS10.15でも、lzma.hは同様の場所にありますが、installできます。
[ii] GitHub https://github.com/atks/vt/issues/70 で、

$ brew install homebrew/science/vt

が有効と最後に書かれていますが、homebrew/scienceは現在は継続されていないというエラーが出ます。
[iii] % brew doctorを行うと、下記のメッセージが出てくる状態です。

Warning: "config" scripts exist outside your system or Homebrew directories.
`./configure` scripts often look for *-config scripts to determine if
software packages are installed, and which additional flags to use when
compiling and linking.

Having additional scripts in your path can confuse software installed via
Homebrew if the config script overrides a system or Homebrew-provided
script of the same name. We found the following "config" scripts:
  /miniconda3/bin/vdb-config
  /miniconda3/bin/krb5-config
  /miniconda3/bin/python3.9-config
  /miniconda3/bin/python3-config
  /miniconda3/bin/curl-config
  /miniconda3/bin/ncursesw6-config

brew doctorで出る警告は関係しているのでしょうか。よろしくお願いいたします。

Answer 1

すべてのエラーが消えた訳ではありませんが、自己解決できたように思います。以下、有効と思われた３点を記載します。

<1> Macのチップが変わっており、R, miniconda、OS12用に（というか、Apple M1チップ用に)、再install。古いフォルダは再インストール前に削除。# これで、(4)[iii] brew doctorのエラーメッセージは軽減。
miniconda, R の再install元は、下記の通りです。

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html より、Python3.9の右にある、Miniconda3 macOS 64-bit bash

https://cran.r-project.org/bin/macosx/ より、R-4.2.0-arm64.pkg

最終的な解決にどの程度寄与するのか分かりませんが、この後、% brew install xxx　で、samtoolsとbowtie2はinstallしておきました。)

<2> 上記 https://cran.r-project.org/bin/macosx/ の下記情報を参照

This release uses Xcode 13.1 and experimental GNU Fortran 12 arm64 fork. If you wish to compile R packages which contain Fortran code, you may need to download GNU Fortran for arm64 from https://mac.R-project.org/tools. Any external libraries and tools are expected to live in /opt/R/arm64 to not conflict with Intel-based software and this build will not use /usr/local to avoid such conflicts (see the tools page for more details). 

Xcode 13.4を、applestoreより入手。（かなり時間がかかる）入手後開く必要あり。
GNU Fortran for arm64を、上記サイトより入手し、そのサイトに記載されている要領により、展開。

下記コードにて、インストール中の警告メッセージはやや減り、(3)のメッセージは出なくなりました。

>  BiocManager::install("methylKit", type = "source")

　
#(4)[i] fatal error が残りましたが、

/opt/R/arm64/include/lzma.h:293:10: fatal error: 'lzma/version.h' file not found

のような形で、どこに何が足りないのか、理解可能になりました。

<3> miniconda3の中に存在するlzma.hファイルと、lzmaフォルダを、/opt/R/arm64/include/の中へコピペ。ファイルだけではなく、フォルダもコピペする必要がありました。 # いくつか警告メッセージは残るものの、

packageVersion("methylKit")

にて、1.22.0の表示。installできたと思われます。

今回は自己解決できたと思いますが、お気づきの点などありましたら、ご指摘いただきたく思います。

Comments

[n2022]

その後OS10.12で動いていますので、自己解決とします。