回答編集履歴
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リンクの修正
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@@ -2,7 +2,7 @@
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<1> Macのチップが変わっており、R, miniconda、OS12用に（というか、Apple M1チップ用に)、再install。古いフォルダは再インストール前に削除。# これで、(4)[iii] brew doctorのエラーメッセージは軽減。
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miniconda, R の再install元は、下記の通りです。
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> https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
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> https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html より、Python3.9の右にある、Miniconda3 macOS 64-bit bash
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> https://cran.r-project.org/bin/macosx/ より、R-4.2.0-arm64.pkg
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最終的な解決にどの程度寄与するのか分かりませんが、この後、```% brew install xxx``` で、samtoolsとbowtie2はinstallしておきました。)
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語句修正
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@@ -1,4 +1,4 @@
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すべてのエラーが消えた訳ではありませんが、
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すべてのエラーが消えた訳ではありませんが、自己解決できたように思います。以下、有効と思われた３点を記載します。
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<1> Macのチップが変わっており、R, miniconda、OS12用に（というか、Apple M1チップ用に)、再install。古いフォルダは再インストール前に削除。# これで、(4)[iii] brew doctorのエラーメッセージは軽減。
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miniconda, R の再install元は、下記の通りです。
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語句の修正
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@@ -20,7 +20,7 @@
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> BiocManager::install("methylKit", type = "source")
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#(4)[i]が残りましたが、
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#(4)[i] fatal error が残りましたが、
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> /opt/R/arm64/include/lzma.h:293:10: fatal error: 'lzma/version.h' file not found
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のような形で、どこに何が足りないのか、理解可能になりました。
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にて、1.22.0の表示。installできたと思われます。
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自己解決できたと思いますが、お気づきの点などありましたら、ご指摘いただきたく思います。
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今回は自己解決できたと思いますが、お気づきの点などありましたら、ご指摘いただきたく思います。
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誤タイプの修正
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@@ -5,7 +5,7 @@
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> https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html より、Python3.9の右にある、Miniconda3 macOS 64-bit bash
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> https://cran.r-project.org/bin/macosx/ より、R-4.2.0-arm64.pkg
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最終的な解決にどの程度寄与するのか分かりませんが、この後、
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最終的な解決にどの程度寄与するのか分かりませんが、この後、```% brew install xxx``` で、samtoolsとbowtie2はinstallしておきました。)
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<2> 上記 https://cran.r-project.org/bin/macosx/ の下記情報を参照
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自己解決できたと思われる方法を詳しく書きました。
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@@ -1 +1,33 @@
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すべてのエラーが消えた訳ではありませんが、installまでは行けました。以下、有効と思われた３点を記載します。
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<1> Macのチップが変わっており、R, miniconda、OS12用に（というか、Apple M1チップ用に)、再install。古いフォルダは再インストール前に削除。# これで、(4)[iii] brew doctorのエラーメッセージは軽減。
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miniconda, R の再install元は、下記の通りです。
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> https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html より、Python3.9の右にある、Miniconda3 macOS 64-bit bash
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> https://cran.r-project.org/bin/macosx/ より、R-4.2.0-arm64.pkg
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最終的な解決にどの程度寄与するのか分かりませんが、この後、> 引用テキスト```% brew install xxx``` で、samtoolsとbowtie2はinstallしておきました。)
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<2> 上記 https://cran.r-project.org/bin/macosx/ の下記情報を参照
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This release uses Xcode 13.1 and experimental GNU Fortran 12 arm64 fork. If you wish to compile R packages which contain Fortran code, you may need to download GNU Fortran for arm64 from https://mac.R-project.org/tools. Any external libraries and tools are expected to live in /opt/R/arm64 to not conflict with Intel-based software and this build will not use /usr/local to avoid such conflicts (see the tools page for more details).
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Xcode 13.4を、applestoreより入手。（かなり時間がかかる）入手後開く必要あり。
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GNU Fortran for arm64を、上記サイトより入手し、そのサイトに記載されている要領により、展開。
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下記コードにて、インストール中の警告メッセージはやや減り、(3)のメッセージは出なくなりました。
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```R
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> BiocManager::install("methylKit", type = "source")
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#(4)[i]が残りましたが、
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> /opt/R/arm64/include/lzma.h:293:10: fatal error: 'lzma/version.h' file not found
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のような形で、どこに何が足りないのか、理解可能になりました。
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<3> miniconda3の中に存在するlzma.hファイルと、lzmaフォルダを、/opt/R/arm64/include/の中へコピペ。ファイルだけではなく、フォルダもコピペする必要がありました。 # いくつか警告メッセージは残るものの、
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```R
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packageVersion("methylKit")
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```
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にて、1.22.0の表示。installできたと思われます。
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自己解決できたと思いますが、お気づきの点などありましたら、ご指摘いただきたく思います。
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