回答編集履歴

  「調べたこと」に書かれている3点は間違ってないので、使い分けとしては、そこから導き出される通りです。

 

  ディレクトリとその配下をひとまとめにして圧縮したい場合に、zipにするか、tat.gz にするか、tar.bz2 にするかは好き好きです。