回答編集履歴

  `Object.Instantiate`を使えば、プレハブから複数個のオブジェクトのコピーを作成することができますが、その中で使われているアセット(今回で言えば、`Renderer`で使用されている`Mesh`/`Material`など)はコピーされず、同じアセットの参照になっています。

  ですので、一つのオブジェクトでインスペクタ上でマテリアルの設定を変えると、全てのオブジェクトに影響が出てしまいます。

 

 

  もしくは、スクリプトから以下のように実行すると、実行したもののみ変更することができます。