回答編集履歴
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追記
test
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[In Jupyter Notebooks on Google Colab, what's the difference between using % and ! to run a shell command?](https://stackoverflow.com/a/60799846)の回答に記載の通り、IPythonのコマンドかbashのコマンドかの違いで、
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[In Jupyter Notebooks on Google Colab, what's the difference between using % and ! to run a shell command?](https://stackoverflow.com/a/60799846)の回答に記載の通り、IPythonのコマンドかbashのコマンドかの違いであり、そのコマンドを解釈、実行する**土台が異なります**。
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「どのように」という点に適切にこたえるのは難しいですが、たとえば`cd`などで挙動が異なりますが、挙動が同じならとくに使い分けを意識する必要はないと思います。
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