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  消えている面は**多角形の面**なのでFBXに書き出す際に**三角面**に変換される処理が上手くいっていないのではないでしょうか？

  上記の理由だとしたら編集モードで**手動で分割**するか**三角面化モディファイア**を設定しておけば問題なく書き出せると思いますよ。