回答編集履歴

  適当なエディタコードを実行できるソース上で、

  AssetDatabase系のAPIから、プレハブのゲームオブジェクトを取得して、GetComponentsChildrenでマテリアルの参照元コンポーネントを取得してください。fbxならRendrerですかね。

  そしたらmaterialsフィールドからすべてのマテリアルを参照して、GetTexturePropertyNamesからGetTextureで全てのテクスチャを取得して、名前を比較したりして差し替えることができるかと思います。