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  glfwWaitEventsはイベントが発生して実行キューに積まれるまでスリープし、キューが積まれた場合にそれを実行して処理を返します。そのイベントにはウインドウの上をマウスカーソルが動いた、なども含まれます。

 

  貴方の環境で実際になんのイベントが発生していて再描画が行われ、CPU使用率が100%になっているのかはわかりませんが、特定のイベントでのみ、もしくはイベントによって状態が変化した場合のみ再描画するよう実装すればCPU使用率は削減できます。