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コメントを受けての追記#1
test
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* [vagrant上、共有ファイルのパーミッションを変更する](http://qiita.com/YusukeHigaki/items/ca36a5a3d27417e67ac7)
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* [vagrant共有フォルダのパーミッションでハマった話](http://blog.buddying.jp/tips/2015-06-03/184/)
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共有フォルダのうち、特定のディレクトリのみ権限を変更したいのですね。
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正しい手順か分からないですが、以下のように特定のディレクトリもVagrantFileに共有フォルダ指定することで、特定のディレクトリの権限変更もできるようです。
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「ただ、動作した」ということで問題なければお試しください。（本番環境などで利用する場合は、別途正しい手順をご確認ください）
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マニュアルページからは本事例への設定方法が確認できませんでした。
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https://www.vagrantup.com/docs/synced-folders/basic_usage.html
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// VagrantFileの該当部分抜粋
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// /vagrant 777, vagrant:vagrant
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config.vm.synced_folder "./", "/vagrant",
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:owner => "vagrant",
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:group => "vagrant",
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:mount_options => ["dmode=777,fmode=777"]
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// /vagrant/www/html -> 775, apache:apache
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config.vm.synced_folder "./www/html/", "/vagrant/www/html",
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:owner => "apache",
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:group => "apache",
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:mount_options => ["dmode=775,fmode=775"]
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// $ ll / | grep vagrant
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// drwxrwxrwx 1 vagrant vagrant 170 9月 15 15:38 vagrant
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// $ ll /vagrant/ | grep www
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// drwxrwxrwx 1 vagrant vagrant 102 9月 15 15:38 www
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// $ ll /vagrant/www/
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// 合計 0
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// drwxrwxr-x 1 apache apache 102 9月 15 15:39 html
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