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コメントを受けての追記#1
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Windows上で上記権限設定が必要なのではなく、Vagrant上で必要ということでしたら、VagrantFileに共有フォルダマウントの設定として権限設定を記述するとうまくいくかと思います。
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* [vagrant上、共有ファイルのパーミッションを変更する](http://qiita.com/YusukeHigaki/items/ca36a5a3d27417e67ac7)
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* [vagrant共有フォルダのパーミッションでハマった話](http://blog.buddying.jp/tips/2015-06-03/184/)
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* [vagrant共有フォルダのパーミッションでハマった話](http://blog.buddying.jp/tips/2015-06-03/184/)
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共有フォルダのうち、特定のディレクトリのみ権限を変更したいのですね。
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正しい手順か分からないですが、以下のように特定のディレクトリもVagrantFileに共有フォルダ指定することで、特定のディレクトリの権限変更もできるようです。
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「ただ、動作した」ということで問題なければお試しください。（本番環境などで利用する場合は、別途正しい手順をご確認ください）
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マニュアルページからは本事例への設定方法が確認できませんでした。
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https://www.vagrantup.com/docs/synced-folders/basic_usage.html
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// VagrantFileの該当部分抜粋
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// /vagrant 777, vagrant:vagrant
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config.vm.synced_folder "./", "/vagrant",
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:owner => "vagrant",
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:group => "vagrant",
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:mount_options => ["dmode=777,fmode=777"]
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// /vagrant/www/html -> 775, apache:apache
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config.vm.synced_folder "./www/html/", "/vagrant/www/html",
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:owner => "apache",
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:group => "apache",
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:mount_options => ["dmode=775,fmode=775"]
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// $ ll / | grep vagrant
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// drwxrwxrwx 1 vagrant vagrant 170 9月 15 15:38 vagrant
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// $ ll /vagrant/ | grep www
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// drwxrwxrwx 1 vagrant vagrant 102 9月 15 15:38 www
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// $ ll /vagrant/www/
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// 合計 0
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// drwxrwxr-x 1 apache apache 102 9月 15 15:39 html
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