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回答ではないのですが、matplotlib の[公式ドキュメントのアニメーションの説明ページ](https://matplotlib.org/stable/api/animation_api.html)や、そこからリンクされている FuncAnimation のサンプルプログラムを見ていると、plt.cla() を行なっているプログラムはひとつもありません。
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それでよくよくサンプルプログラムを見てみると、質問文で引用されている Qiita の FuncAnimation のプログラムは、FuncAnimation の使い方としては問題があるのではないでしょうか。
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Qiita のプログラムは関数の中で plt.cla() と plt.plot() をしていて、つまり関数が実行されるたびに Axes オブジェクトを削除して再度 Axes オブジェクトを生成するということを繰り返しているのですが、公式ドキュメントのプログラムを読むと、Axes オブジェクトを生成するのは関数の外で1回のみで、関数の中ではプロットのためのデータを変更しているだけのように読めます。
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Qiita のプログラムは関数の中で plt.cla() と plt.plot() をしていて、つまり関数が実行されるたびに Axes オブジェクトを初期化して再度プロットをし直す ~~ Axes オブジェクトを削除して再度 Axes オブジェクトを生成する~~ ということを繰り返しているのですが、公式ドキュメントのプログラムを読むと、Axes オブジェクトの初期化は ~~Axes オブジェクトを生成するのは~~ 関数の外で1回のみで、関数の中ではプロットのためのデータを変更しているだけのように読めます。
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[公式ドキュメントのサンプルプログラム](https://matplotlib.org/stable/gallery/animation/simple_anim.html)を参考にして、Qiita のプログラムを書き換えてみました。
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