回答編集履歴
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追記
test
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[scipy.sparse.csr_matrix](https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.sparse.csr_matrix.html#scipy.sparse.csr_matrix)を使うと簡潔に書けます。
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行列が巨大であれば疎行列のまま扱うほうがよいかもしれません。
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参考：[Python, SciPy（scipy.sparse）で疎行列を生成・変換](https://note.nkmk.me/python-scipy-sparse-matrix-csr-csc-coo-lil/)
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