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クライアントアプリからは必要な情報をリクエストして結果を受け取るだけに終始したほうが良いと思います。
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PHPがあるのでしたら、Webサーバー側でMySQLとのやりとりをするAPIを設置し、クライアントアプリからは必要な情報をリクエストして結果を受け取るだけに終始したほうが良いと思います。
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※MySQLが設置されているサーバー次第ではクライアントからの接続がそのままではできないこともあるのでそこはポートの開放など調整する可能性があるかもしれません(今回の内容だけでは分かりません)
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ただ、「結局そのクライアントアプリをどう使うか」次第で変わってくるのも事実です。
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MySQLが置かれているサーバー次第ではクライアントからの直接接続ができないことも多いですし、
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お世辞にも安全とは言い切れません。
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既に指摘があるように、PHPがあるのでしたら、Webサーバー側でMySQLとのやりとりをするAPIを設置し、
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クライアントアプリからは必要な情報をリクエストして結果を受け取るだけに終始したほうが良いと思います。
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※JavaでクライアントとWebを併用する場合も、DB関連の処理は専用の待ち受けサーブレット作って処理させることが多いです。
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