回答編集履歴
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追記
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ExcelRange
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[ExcelRange.Sortのソースを見た感じ](https://github.com/JanKallman/EPPlus/blob/4dacf27661b24d92e8ba3d03d51dd5468845e6c1/EPPlus/ExcelRangeBase.cs)では文字列によるソートしか出来ないように見えます。
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なので、どうしてもセルの色による並び替えをしたい場合は[Microsoft.Office.Interop.Excel](https://docs.microsoft.com/ja-jp/dotnet/api/microsoft.office.tools.excel.worksheetbase.sort?view=vsto-2017) もしくはそれをラップしたサードパーティ製のライブラリを使うしかないと思います。
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誤記修正＆リンク追加
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上記リンクのサンプルコードに記載されている`Excel.XlSortOn.xlSortOnValues`を`Excel.XlSortOn.SortOnCellColor`とすれば実現できます。
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上記リンクのサンプルコードに記載されている`Excel.XlSortOn.xlSortOnValues`を`Excel.XlSortOn.xlSortOnCellColor`とすれば実現できます。([XlSortOn Enum](https://docs.microsoft.com/ja-jp/dotnet/api/microsoft.office.interop.excel.xlsorton?view=excel-pia))
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