回答編集履歴
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途中で投稿してしまった
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これはif文とelse文の対応（というべきか？）に起因する問題ですね。
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PAST2020 Aだと思いますが、その場合入力は英大小文字のみなので、
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```C
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}else if(isupper(s[i])){ //s[i]が大文字で
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```
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+
英大文字の場合ここでキャッチされ、
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+
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```C
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+
}else if(islower(s[i])){ //s[i]が小文字でt[i]が大文字の時
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```
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+
英小文字の場合ここでキャッチされ、
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+
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```C
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+
}else{ //もはや文字が違う時
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printf("もはや全部違う\n");
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+
char isi=tolower(s[i]); //小文字
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```
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+
```
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ここに到達することはありません。
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これをそのままのコードの構造で解決するのはなかなか面倒なので、アルゴリズムから見直すことにしましょう。
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質問者様のやりたかったことは、
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1. `s[i] == t[i]`なら、`cnt++`
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2. `s[i]`が大文字かつ`t[i]`が小文字のとき、`tolower(s[i]) == t[i]`なら、`cnsup++`
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3. `s[i]`が小文字かつ`t[i]`が大文字のとき、`toupper(s[i]) == t[i]`なら、`cnlow++`
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4. どの条件も満たさないとき、`cdiff++`
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だと思われますが、この2と3は区別する必要がないのではありませんか？
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例えば、もうどちらも小文字に変換してから比較すれば、どちらが元々どうだったか考える必要はありません。
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こういうのはどうでしょう。
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1. `s[i] == t[i]`なら、`cnt++`
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2. `tolower(s[i]) == tolower(t[i])`なら、`cnlow++`
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3. どの条件も満たさないとき、`cdiff++`
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また、もしかすると、カウントする必要すらないのではないでしょうか。
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