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  > 使用ポート番号は、3(CAN_H)、5(CAN_L)、2(GND)

 

  私の記憶違いでなければ、CAN-BUSのD-subはH,Lの2線でつなぐか、H,L,GND,電源(5Vなど)の4線でつなぐかと思います。Arduinoとシールドに対して、GNDが機器の大きなGNDに繋がれていてたりして変に吸い出されたかもしれません。HとGNDが短絡していることからもこのあたりに問題ありそうです。ともあれ、Arduinoとシールド、外側の機器との電源周りなどがわからないのではっきりしたことは言えませんが。