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`git merge --allow-unrelated-histories`すればいいかと
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まずひとつのlocal repoに複数のremoteがある状況を作ります。それからそれぞれをcheckoutしてあとはmergeしてpushするだけです。
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mkdir foo
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cd foo
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git init
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git remote add origin <repo url of A>
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git remote add B <repo url of B>
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git fetch --all
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git checkout -b B_master B/master
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git checkout -b master origin/master
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git merge --allow-unrelated-histories B_master
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git push
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