回答編集履歴
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誤記
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の実際の動作はビルトイン関数`format(x, フォーマット文字列)`やそこから呼び出される`x.__format__(フォーマット文字列)`が返すものと決まっているようですが、Pythonの基本的なデータ型(intとかfloat)あるいはビルトインライブラリーに含まれるデータ型についてはPython言語の開発をしているチームが仕様を決めていると思います。
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一方numpyはPythonのビルトインライブラリーではなくサードパーティーライブラリとでもいうべきものなので、なぜ{:.3f}でフォーマットできないかといえばnumpyの設計者が「できない仕様」と決めたからといえましょう。
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