回答編集履歴
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ウィンドウの×ボタンをクリックするとTcl/Tk側の動作によりウィンドウを破棄する処理が動き始めますが、ご質問のプログラムは「Tcl/Tkのウィンドウの状態を無視して無条件に画面更新コマンドを発行し続ける」という制御上の問題があります。この問題がcan110さんが言っておられる「アニメーション処理のお行儀が悪い」に該当すると思います。
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tkinterに限らずイベントループを基本メカニズムとするようなGUIライブラリーにおいては「イベントが何か起こったらそれに応じてしかるべき処理をする」という構造とすべきです。
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