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  - Endボタンの処理は別スレッドで行う必要なし

  別スレッドで行うと動かなくなるわけではありませんが、そうすることに意味はありません。

  (A) ボタンを押したら別のスレッドを開始し即座に呼び出し元へ戻るようにする

  (B) whileループは別のスレッドで実行する。

  となるわけで「tkinterのイベント処理はメインスレッドで継続しつつ、whileループは別のスレッドで並行して動かす＝＞tkinterのイベント処理がwhileループにより阻害されないようにする」という考え方になります。一方Endボタンの処理は「単にフラグを変更する」だけなので、それを行うのにわざわざスレッドを動かす必要はありません。