回答編集履歴
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定義のところで`self.`をl1とかの前につけてもダメですか？
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~~定義のところで`self.`をl1とかの前につけてもダメですか？
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正確には代入ですが。~~
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macOS: 10.13.4
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Python 3.6.0 :: Continuum Analytics, Inc.
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Chainer: 2.0.0, 4.0.0
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元のコードも、hayataka2049さんのwith self.init_scope()のコード（self.l1などに変更したもの）もエラーも警告もなしに正常に実行できました。
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jupyter notebookを使っていたりしますか？
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