回答編集履歴
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追記
answer
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どんな場合でも闇雲にCRを取るのが妥当とか取らないことが妥当とは言い切れません。ログファイルをどういうふうに扱いたいかによると思います。
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個人的な意見としては「Windowsで実行するならCR+LFを付けといた方がなにかと便利」です。それを他の環境へ転送するなら「テキストを料理するなんらかのツールで」CRを削除すればいいと思います。
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個人的な意見としては「Windowsで実行するならCR+LFを付けといた方がなにかと便利」です。それを他の環境へ転送するなら「テキストを料理するなんらかのツールで」CRを削除すればいいと思います。
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追記：
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PyCharm (Windows 10, Python3.6)で動きをみたところumyuさんがコメントしておられるように「ライブラリーのかなり深いところで改行コードの置き換えが行われているらしい」ことが観察できました。
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適当なエンコーダーで文字列＝＞バイト列へ変換することも含めてテキストストリームを自前実装することもできるとは思いますが、上記コメントに書いたようにそこまで手間をかけてCRを取る必要もない気がしました。
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