回答編集履歴
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しゅご！！！
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案2)Anacondaの環境にpyperclipをインストールする。
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案2)Anacondaの環境に`pyperclip`をインストールする。
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コマンドプロンプトより`activate`コマンドを実行後に`pip install pyperclip`を実行
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コマンドプロンプトより`activate`コマンドを実行後に`pip install pyperclip`を実行。
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python3.6環境なので、pip実行時に問題が発生するかもしれないので、記載しておきます。
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※anaconda&python3.6環境なので、`pip install`実行時に問題が発生するかもしれないので、念のため記載しておきます。
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anaconda環境でpip実行時に[transport_encoding](https://stackoverflow.com/questions/46499808/pip-throws-typeerror-parse-got-an-unexpected-keyword-argument-transport-enco)のエラーメッセージが出た場合は、conda install pipを実行してくださいな。
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ついき！
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Python 3.6.3 :: Anaconda, Inc.
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2018/1/31追記
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> Python 3.6.3 (v3.6.3:2c5fed8, Oct 3 2017, 17:26:49) [MSC v.1900 32 bit (Intel)] on win32
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Python 3.6.3 |Anaconda, Inc.| (default, Oct 15 2017, 03:27:45) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)] on win32
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Python 3.6.3の32ビット版をインストール後に、[Anaconda](https://www.anaconda.com/)をインストールしたことによって、py.exeがAnacondaのものに上書きされたみたいですね。
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案1)Anacondaをアンインストールした後、python 3.6.3を再インストールする。
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案2)Anacondaの環境にpyperclipをインストールする。
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コマンドプロンプトより`activate`コマンドを実行後に`pip install pyperclip`を実行
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python3.6環境なので、pip実行時に問題が発生するかもしれないので、記載しておきます。
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anaconda環境でpip実行時に[transport_encoding](https://stackoverflow.com/questions/46499808/pip-throws-typeerror-parse-got-an-unexpected-keyword-argument-transport-enco)のエラーメッセージが出た場合は、conda install pipを実行してくださいな。
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追記
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`-`引数が無い場合は、`py.exe`は最後にインストールしたpython環境で実行します。
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`-`
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`-`を追加してpythonのバージョンを指定して実行してみてはどうでしょうか？
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