回答編集履歴
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やりたいことがうまく把握できているか自信がありませんが、以下のような構成で各プログラムを書くとよいと思います。
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やりたいこと（何に困っているのか）がうまく把握できているか自信がありませんが、以下のような構成で各プログラムを書くとよいと思います。
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コード修正
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やりたいことがうまく把握できているか自信がありませんが、以下のような構成で各プログラムを書くとよいと思います。
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@@ -70,10 +72,12 @@
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for i in range(5):
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sin_data_path = '%s/sin_data%d.txt'%(folder_name,i+1)
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os.system('python calc.py -out %s'%sin_data_path)
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sin_img_path = '%s/sin_img%d.png'%(folder_name,i+1)
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+
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+
os.system('python plot.py -in %s -out %s'%(sin_data_path,sin_img_path))
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