回答編集履歴
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CUIの文脈だと、前者は例えばC言語でコマンドライン・プログラムを開発するイメージです。後者はBashスクリプトを作るイメージです。
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GUIプログラム開発の話ということですので、その主旨で回答してみます。
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GUIライブラリを使うプログラムは当然GUIライブラリの作法に則ってプログラムを開発します。
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当該GUIライブラリがマルチ・プラットフォームだったら、それを使うプログラムもマルチ・プラットフォーム対応しやすいです。（GUI以外の部分もちゃんとマルチ・プラットフォーム開発しないといけません。）
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> windowsのGUIシェルは剥ぎ取り、例えばLinuxが採用しているGUIをwindows着せればGUIのネイティブライブラリはwin32 APIではなくなるのでは？
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それは無理です。Windowsはその名前の通りGUIと密接に関係しています。本来必要のない単なる非同期APIに何故かWindowに依存する部分があったりします。
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それを剥ぎ取ったものは、もはやWindowsではないと思います。今までのWindows用プログラムは一切動かなくなります。
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「WindowsにXwindowを入れよう」のリンク先で既にX-Window SystemをWindowsで動かしてますね。
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シミュレションですが、それは仕方ないでしょう。カーネルの機能が異なるので、その部分のシミュレーションは必須です。
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であれば、GUIシェル・プログラムは、既にOSフリーを実現できているということになります。
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ところで、GUIプログラム開発の話なのか、GUIシェル・プログラム開発の話なのか、きちんと区別した方が良いと思います。
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ところで、GUIプログラム開発の話なのか、GUIシェル・プログラム開発の話なのか、きちんと区別した方が良いと思います。
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