回答編集履歴
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訂正
test
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訂正：maisumakunさんコメントを拝見すると「自分の回答は間違い」であったようです。
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大変失礼しました。
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後段の計算に使うのは「類似度」ではなく「距離＝違い」を使うのでそうしているのだと思います。
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pdistが計算対象にするのは「類似度」ではなく「距離」なので・・・
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