Python SIRモデル作成中のType Error

Question

前提

Pythonで通常のSIRモデルを拡張し，ネットワーク上のエージェントを対象としたモデルを作成しています

実現したいこと

発生したエラーの原因の理解と解決

発生している問題・エラーメッセージ

TypeError: 'int' object is not iterable

該当のソースコード①

# coding: utf-8


import networkx as nx

class Agent:
    """
    state = ['S', 'I', 'R'] (S: Susceptible, I: Infectious, R: Recovered)
    """
    def __init__(self):
        self.state = 'S'
        self.neighbors_id = 0
    
    
def generate_agents(num_agent, average_degree):
    network = nx.barabasi_albert_graph(num_agent, average_degree//2)
    agents = [Agent() for agent_id in range(num_agent)]   #エージェントのリスト
        
    for agent_id, agent in enumerate(agents):
        agent.nebghbors_id = list(network[agent_id])
    return agents
    
    
def count_state_fraction(agents):
    """
    各状態のエージェントの割合
    """
    fs = len([agent for agent in agents if agent.state == 'S'])/len(agents)
    fi = len([agent for agent in agents if agent.state == 'I'])/len(agents)
    fr = 1 - fs -fi
    return fs, fi, fr
    
    
def count_num_i(agents):
    """
    感染状態のエージェントの数
    """
    num_i = len([agent for agent in agents if agent.state == 'I'])
    return num_i

該当のソースコード②

# coding: utf-8


import random as rnd
import society

def initialize_state(agents, num_initial_infected_agents=1):
    """
    初期保有者をランダムに決定
    """
    initial_infected_agent_id = rnd.sample(k = num_initial_infected_agent)
    
    for i, agent in enumerate(agents):
        if i in initial_infected_agent_id:
            agent.state = 'I'
        else:
            agent.state = 'S'
            

def disease_spreading(agents, beta, gammma):
    """
    SIRダイナミクスの計算("I"状態のエージェントがいなくなるまで)
    """
    for day in range(1, 10000):
        state_changeable_agents = [agent for agent in agents if agent.state in ['S', 'I']]
        next_states = ['S' for i in range(len(state_changeable_agents))]
        
        for i, agent in enumerate(state_changeable_agents):
            if agent.state == 'S':
                num_infected_neighbors = len([agents[agent_id] for agent_id in agent.neighbors_id if agents[agent_id].state == 'I'])
                if rnd.random() <= beta*num_infected_neighbors:
                    next_states[i] = 'I'
                else:
                    pass
            
            elif agent.state == 'I':
                if rnd.random() <= gammma:
                    next_states[i] = 'R'
                else:
                    next_states[i] = 'I'
        
        # 状態の更新
        for agent, next_state in zip(state_changeable_agents, next_states):
            agent.state = next_state
        
        fs, fi, fr = society.count_state_fraction(agents)
        num_i = society.count_num_i(state_changeable_agents)
        print(f'Day:{day}, Fs:{fs:2f}, Fi:{fi:2f}, Fr:{fr:.2f}')
        
        if num_i == 0:
            print('spreading finished')
            break
    return fs, fi, fr

該当のソースコード③

import numpy as np
import pandas as pd
import random as rnd
import society
import epidemics

def main():
    """
    メイン処理
    """
    ### Calcualtion setting ###
    num_agent = 81306                      # エージェントの総数
    average_degree = 43                     # 平均次数
    beta = 0.07                            # 感染率
    gamma = 0.6                           # 回復率
    max_season = 100
    num_initial_infected_agents = 1
    
    agents = society.generate_agents(num_agent, average_degree)
    result = pd.DataFrame({'FES':[]})
    fes_hist = []
    
    for season in range(1, max_season+1):
        fs, fim, fi, fr = epidemics.disease_spreading(agents, beta, gamma)
        fes_hist.append(fr)
        
    new_result = pd.DataFrame([fes_eq], columns = ['FES'])
    result = result.append(new_result)
    print(f'Season finished with FES: {fes_eq:.2f}')
    
    result.to_csv(f'result.csv')

                

if __name__=='__main__':
    main()

試したこと

エラーの検索と似た事例の調査
質問の内容が漠然としていたので補足します．
エラーが発生したのは，epidemics.pyの"num_infected_neighbors = len([agents[agent_id] for agent_id in agent.neighbors_id if agents[agent_id].state == 'I']"の行です．
自分としてはlistの長さを参照する処理が反復不可能な点がわからず問題になっています．

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

jupyter notebook

https://qiita.com/Keyskey/items/8e0d7a67b222a7866154
コードは上記のウェブサイトを参考にしました．
ゲーム理論の部分を省き，SIRモデルとしての完成を目指しています．

Comments

[SK_]

質問の内容が漠然としていたので補足します．
エラーが発生したのは，epidemics.pyの"num_infected_neighbors = len([agents[agent_id] for agent_id in agent.neighbors_id if agents[agent_id].state == 'I']"の行です．
自分としてはlistの長さを参照する処理が反復不可能な点がわからず問題になっています．

Answer 1

エラーの起こりどころはいろいろありますが，現状出ているエラーを解決するために，society.pyを次のように修正してください．

    def __init__(self):
        self.state = 'S'
-       self.neighbors_id = 0
+       self.neighbors_id = list()

隣接エージェントのidのリストになるはずなので，整数での初期化ではなく，空リストで初期化させます．

Comments

[SK_]

回答ありがとうございます．
回答者様のおかげで該当のエラーは解決することができました．
別のエラーに関しては自分で解決できるよう努力します．
改めてお礼を申し上げます．