引数の数が固定がどうかは関係ありません。たとえば、linear-gradient() は可変引数でカンマを使います。
CSSプロパティの値を返す関数表記内で必要なときだけカンマ区切りになります。
規格に「rgba() は(空白区切りでもよかったのに)不必要にカンマ区切りになっている」というようなことが書いてあります。
https://www.w3.org/TR/css-values-4/#functional-notation
Some legacy functional notations, such as rgba(), use commas unnecessarily, but generally commas are only used to separate items in a list, or pieces of a grammar that would be ambiguous otherwise.
関数表記以外だと、transition や box-shadow のように複数の値の組のリストを指定するときはカンマ区切りになります。