Q&A
どちらかと言えば Q&A ではなく意見交換向きのご相談内容ではないかと思いますが……
> データベースの項目によくある共通項目「**登録**者」「**更新**者」「**登録**日時」「**更新**日時」「削除フラグ」
まず、ここでの「登録」や「更新」の対象とは何であるか（「〇〇を登録する」あるいは「〇〇が登録される」の「〇〇」に何が当てはまるか）という点を明確にされることをお奨めします。
「データベースの項目によくある」という文脈に沿うのであれば、一般的にそれは「そのレコード自身」を指しますが。
> 報告書システム
> 報告書の代理申請
その「報告書」が具体的にどのような性質の文書なのか、また「報告書の（代理）申請」という手続きが具体的にどのような流れで行われるのかが不明です。
1. いつ、誰が、どのような内容の報告書を作成したのか。
2. いつ、誰が、どのような方法（手渡し、郵送、メール、電子申請など）を用いてその報告書を提出し、誰がそれを受け取ったのか。
3. いつ、誰が、その報告書に関する情報（上記 1 ）や申請手続に関する情報（上記 2 ）をテーブルのレコードとして登録（データ入力）したのか。
以上のようなイベントが発生するとして、それらを別個の事象として記録できるようなテーブル設計になっているのか、本件において主体となるイベントはどれなのか、といったことが分からない状況では、MaskedRider-Sys さんが覚えた「違和感」がどのようなものなのか、その原因となった要素（データの「構造」、データ更新の「仕組み」、列の名前と役割の齟齬（「表現」や「言い回し」）など）が何であるかを他者が察知することは困難だと思います。
> ここでいう「報告対象者」と「登録者」は一意のIDになります。
「報告対象者」と「登録者」はそれぞれどのような属性の人物であり、どのような形でそれぞれのIDを管理されているのでしょうか。
医療保険を例に挙げると、あらかじめ指定しておいた代理人（配偶者や親族など）が被保険者本人に代わって保険金を請求できる（保険金は被保険者本人が指定した口座に振り込まれる）という制度がありますが、この場合は当然「被保険者」と「保険金の請求を行なった人物」を区別した上、「被保険者本人から請求されるケース」と「指定代理人から請求されるケース」の両方に対応出来るようにしなければなりません。
今回のケースに置き換えるなら、被保険者が「報告者を作成した人物」（本人のみ）、保険金の請求者が「報告書を申請した人物」（本人または代理人）に相当するわけですが、少なくとも請求記録上においてその二者を分けて捉えること自体はおかしなことではないでしょう。
> 判定処理をテーブル独自（共通的な項目以外）のものを使用するのに違和感を感じました。
「その報告者を作成した人物とは別の人物が代理人として申請することが出来る」という要件を満たしているか、それを実現できるようなテーブル設計になっているかどうかこそが肝心なのであって、「テーブル独自（共通的な項目以外）のものを使用する」ことが適切であるかどうかは、あくまで個別に判断すべきことではないかと思います。
