pythonにおけるconcordeの実行方法

Question

前提

pyconcordeにてexamplesファイル内のus_state_capitals.pyを実行したいと思っています。

実現したいこと

us_state_capitals.pyの実行
ディレクトリにおけるファイルのimportの仕方

発生している問題・エラーメッセージ

pyconcordeをインストール後、ローカル環境でpython3 us_state_capitals.py　と実行

エラーメッセージ
<module>
from concorde.tsp import TSPSolver
ModuleNotFoundError: No module named 'concorde'

該当のソースコード

ソースコード
```# -*- coding: utf-8 -*-
from __future__ import division, print_function

import numpy as np
import pandas as pd

from concorde.tsp import TSPSolver

# Source for state capital data:
# http://www.jetpunk.com/data/countries/united-states/state-capitals-list

state_capitals = pd.read_table(
    "us_state_capitals.tsv", header=None,
    names=['state', 'city', 'lat', 'lon']
)

# Keep only the lower 48
state_capitals = state_capitals[
    (state_capitals.state != 'Alaska') & (state_capitals.state != 'Hawaii')]
state_capitals.reset_index(inplace=True, drop=True)

# Instantiate solver
solver = TSPSolver.from_data(
    state_capitals.lat,
    state_capitals.lon,
    norm="GEO"
)

# Find tour
tour_data = solver.solve()
assert tour_data.success

solution = state_capitals.iloc[tour_data.tour]
print("Optimal tour:")
print(u' -> '.join(
    '{r.city}, {r.state}'.format(r=row) for _, row in solution.iterrows()))

# Make a plot
import matplotlib.patches as mpatches
import matplotlib.pyplot as plt
import shapely.geometry as sgeom

import cartopy.crs as ccrs
import cartopy.io.shapereader as shpreader

ax = plt.axes([0, 0, 1, 1], projection=ccrs.LambertConformal())
ax.set_extent([-125, -66.5, 20, 50], ccrs.Geodetic())

shapename = 'admin_1_states_provinces_lakes_shp'
states_shp = shpreader.natural_earth(resolution='110m',
                                     category='cultural', name=shapename)

ax.background_patch.set_visible(False)
ax.outline_patch.set_visible(False)

tour = sgeom.LineString(list(zip(solution.lon, solution.lat)))
capitals = sgeom.MultiPoint(list(zip(solution.lon, solution.lat)))

for state in shpreader.Reader(states_shp).geometries():
    facecolor = [0.9375, 0.9375, 0.859375]
    edgecolor = 'black'

    ax.add_geometries([state], ccrs.PlateCarree(),
                      facecolor=facecolor, edgecolor=edgecolor)

ax.add_geometries([tour], ccrs.PlateCarree(),
                  facecolor='none', edgecolor='red')
for lat, lon in zip(solution.lat, solution.lon):
    ax.plot(lon, lat, 'ro', transform=ccrs.PlateCarree())
    
plt.savefig("us_state_capitals.png", bbox_inches='tight')
plt.show()

試したこと

ターミナルにてpython3 us_state_capitals.pyを実行

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

https://github.com/jvkersch/pyconcorde
こちらがpyconcordeです。

Comments

[jbpb0]

> pyconcordeをインストール

とは、具体的に何をしたのでしょうか？

[Kim]

上記のURLのサイトにてREADMEに書いてあることを実行しました。
git clone https://github.com/jvkersch/pyconcorde

cd pyconcorde

pip install -e
です

[jbpb0]

> pip install -e
です

は、

pip install -e .

の書き間違いでしょうか？
実際の実行では、「.」を付けてましたでしょうか？

[Kim]

すみません、こちらの記載ミスではありますが、「.」はつけて実行いたしました。
これを実行し、現在ローカルな環境にてpyconcordeファイルをインストールしています。
インストールしたのちに、pyconcordeファイル内のexamplesファイルのus_state_capitals.pyを実行すると上記のエラーが出るといった内容です。
初めて利用するため、拙い文章ですみません。

[jbpb0]

pip install -e .

を実行したのと同じ状態で

pip show numpy

を実行してください
いろいろ表示される中に「Location:」で始まる行があるので、そこに書かれてるパスを記録してください

次に、pythonで

from concorde.tsp import TSPSolver

がうまくいかない状態で、下記のpythonコードを実行してください

import sys
import pprint
pprint.pprint(sys.path)

たくさんパスが表示されますが、その中にpip show numpyで記録したパスが入ってますでしょうか？

[Kim]

pip show numpyを実行すると
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages
import sys
import pprint
pprint.pprint(sys.path)
を実行すると
/Desktop/tsp/pyconcorde/examples',
'/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python39.zip',
'/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9',
'/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/lib-dynload',
'/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/lib/python3.9/site-packages']
と同じパスが出てきました。

[jbpb0]

> pyconcordeファイル内のexamplesファイルのus_state_capitals.pyを実行すると上記のエラーが出る

エラーが出るpyファイルの先頭に、下記を追加してみてください

import sys
sys.path.append("/Desktop/tsp/pyconcorde")

[Kim]

教えてくださった方法で実行したところ下記のエラーが出ました。
line 5
from __future__ import division, print_function
^
SyntaxError: from __future__ imports must occur at the beginning of the file
そのため、この1行をファイルの先頭に記述したものを実行しました。
実行結果は下記のようになりました。
line 10, in <module>
from concorde._concorde import _CCutil_gettsplib, _CCtsp_solve_dat
ModuleNotFoundError: No module named 'concorde._concorde'

[jbpb0]

pyファイルへの

> import sys
sys.path.append("/Desktop/tsp/pyconcorde")

の追加はやめて元に戻して、ターミナルで下記のようにして実行してみてください

PYTHONPATH=/Desktop/tsp/pyconcorde:$PYTHONPATH python us_state_capitals.py

それでも

> ModuleNotFoundError: No module named 'concorde._concorde'

というエラーが出るなら、「/Desktop/tsp/pyconcorde/concorde」にある、ファイル名が「_concorde」で始まるファイルの、ファイル名とサイズを教えてください

【追記】
確認ですが、「pip install -e .」を実行した時のカレントディレクトリは「/Desktop/tsp/pyconcorde」でしたでしょうか？

また、「pip install -e .」実行後に、「/Desktop/tsp/pyconcorde/concorde」以下のファイルを削除したり移動したりはしてませんでしょうか？

[Kim]

>PYTHONPATH=/Desktop/tsp/pyconcorde:$PYTHONPATH python us_state_capitals.py
この湯尾に実行したところ解決いたしました。
ありがとうございます。

Answer 1

pyconcordeをインストール後、ローカル環境でpython3 us_state_capitals.py　と実行

pyconcordeをインストールした場所が「/Desktop/tsp/pyconcorde」なら、ターミナルで下記のようにして実行してみてください

PYTHONPATH=/Desktop/tsp/pyconcorde:$PYTHONPATH python us_state_capitals.py