そのような方法はないと思われます。
GitHub Flavored MarkDown (GFM) でリンクに使えるのは、おそらくhttp、https、mailtoのいずれかのスキームを持つURL、および相対参照だけのようです。それ以外のURLを含むものはリンクとしてレンダリングされません (<a>タグがないテキストになる)。
また、MarkDownでは本来ソース中にHTMLのタグを直書きすることもできますが、GFMではこのようなHTMLタグにもサニタイズが施され、<a href="...">と書いても上記以外のURLを使っているとリンクとしてレンダリングされません (<a>タグが取り除かれる)。
任意のURLへのリンクを配置するには、MarkDownファイル (拡張子.md) で作成するのをあきらめてHTMLのファイル (拡張子.html) で作成するしかないと思います。
リンクになるもの
markdown
1- [mailto](mailto:xxx@yyy.zzz)
2- [https](https://www.google.com)
3- [http](http://localhost:3000)
4<ul>
5<li><a href="mailto:xxx@yyy.zzz">mailto</a></li>
6<li><a href="https://www.google.com">https</a></li>
7<li><a href="http://localhost:3000">http</a></li>
8</ul>
リンクにならないもの (例)
markdown
1- [ftp](ftp://ftp.us.debian.org/debian/)
2- [smb](smb://foo/bar/baz)
3- [irc](irc://irc.freenode.net/)
4<ul>
5<li><a href="ftp://ftp.us.debian.org/debian/">ftp</a></li>
6<li><a href="smb://foo/bar/baz">smb</a></li>
7<li><a href="irc://irc.freenode.net/">irc</a></li>
8</ul>